Transthoracic (TTE) og transøsofageal (TEE) ekkokardiografi representerer de grunnleggende bildeverktøyene for interatrial septumundersøkelse. Tredimensjonal (3D) TEE gir trinnvis informasjon i vurderingen av interatrial septum. Ytterligere avanserte ekkokardiografiteknikker ved hjelp av flekksporingsekkardiografi brukes til sensitiv volumetrisk og funksjonell vurdering av hjertekamrene.