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使用RNA-seq研究分子进化和基因表达的生物信息学管道

JoVE 신문
생물학

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JoVE 신문 생물학

A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

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使用RNA-seq研究分子进化和基因表达的生物信息学管道

DOI:

10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

Aide Macias-Muñoz, Ali Mortazavi

¹Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

00:04Introduction
00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
01:57Identify Genes of Interest
03:32Phylogenetic Trees
04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
06:20Conclusion

Summary

자동 번역

本协议的目的是使用RNA测序数据调查候选基因的进化和表达。

Tags

Keywords: Bioinformatics Pipeline Molecular Evolution Gene Expression RNA-seq SRA Toolkit NCBI FASTQ Reference Genome GTF FASTA Gene Mapping Gene Expression BLAST Homologous Genes Gene Annotation MEGA

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