A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

Aide Macias-Mu&#241;oz; Ali Mortazavi

doi:10.3791/61633

Journal

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생물학

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आरएनए-एसईक्यू का उपयोग करके आणविक विकास और जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन

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JoVE 신문 생물학

A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

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आरएनए-एसईक्यू का उपयोग करके आणविक विकास और जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन

DOI:

10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

Aide Macias-Muñoz, Ali Mortazavi

¹Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

00:04Introduction
00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
01:57Identify Genes of Interest
03:32Phylogenetic Trees
04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
06:20Conclusion

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इस प्रोटोकॉल का उद्देश्य आरएनए अनुक्रमण डेटा का उपयोग करके उम्मीदवार जीन के विकास और अभिव्यक्ति की जांच करना है।

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Tre Recombinase के आण्विक विकास

प्राथमिक electroporation के लिए murine अस्थि मज्जा से hematopoietic सेल संस्कृतियों की तैयारी

जीन Pulser MXcell electroporation प्रणाली का उपयोग करने के लिए उच्च क्षमता के साथ प्राथमिक कोशिकाओं transfect

एक स्वचालित सेल काउंटर का उपयोग करने के लिए जीन एक्सप्रेशन अध्ययन सरल: आईएल-4 निर्भर जीन एक्सप्रेशन के Namalwa कक्ष में siRNA नॉकडाउन

के आयल - एंबेडेड और जमे हुए वर्गों ड्रोसोफिला वयस्क स्नायु

सक्रिय टी. के पुनर्गठन इन विट्रो में castaneum टेलोमिरेज

कम्प्यूटर आधारित प्रोटीन संरचना और समारोह भविष्यवाणी के लिए एक प्रोटोकॉल

Hypoxia निम्नलिखित एकल कोशिका के स्तर पर ग्लोबल शाही सेना संश्लेषण का विश्लेषण

मेटाबोलिक दर के मापन में<em> ड्रोसोफिला</em> Respirometry का उपयोग

एशियाई टाइगर मच्छर में Photoperiodic diapause की शाही सेना seq के विश्लेषण के लिए एक प्रयोगात्मक और जैव सूचना विज्ञान प्रोटोकॉल,<em> एडीज albopictus</em

आरएनए-एसईक्यू का उपयोग करके आणविक विकास और जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन

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के आयल - एंबेडेड और जमे हुए वर्गों ड्रोसोफिला वयस्क स्नायु

सक्रिय टी. के पुनर्गठन इन विट्रो में castaneum टेलोमिरेज

कम्प्यूटर आधारित प्रोटीन संरचना और समारोह भविष्यवाणी के लिए एक प्रोटोकॉल

Hypoxia निम्नलिखित एकल कोशिका के स्तर पर ग्लोबल शाही सेना संश्लेषण का विश्लेषण

मेटाबोलिक दर के मापन में<em> ड्रोसोफिला</em> Respirometry का उपयोग

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