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RNA-seqを用いた分子進化と遺伝子発現を探るバイオインフォマティクスのパイプライン
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JoVE 신문 생물학
A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq
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RNA-seqを用いた分子進化と遺伝子発現を探るバイオインフォマティクスのパイプライン

DOI:
10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

,
1Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
  • 01:57Identify Genes of Interest
  • 03:32Phylogenetic Trees
  • 04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
  • 06:20Conclusion

Summary

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このプロトコルの目的は、RNAシーケンシングデータを用いて候補遺伝子の進化と発現を調べるものです。

Tags

Bioinformatics PipelineMolecular EvolutionGene ExpressionRNA-seqSRA ToolkitNCBIFASTQReference GenomeGTFFASTAGene MappingGene ExpressionBLASTHomologous GenesGene AnnotationMEGA

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