/

/

En bioinformatikkrørledning for undersøkelse av molekylær evolusjon og genuttrykk ved hjelp av RNA-seq

JoVE 신문
생물학

JoVE 비디오를 활용하시려면 도서관을 통한 기관 구독이 필요합니다. 전체 비디오를 보시려면 로그인하거나 무료 트라이얼을 시작하세요.

JoVE 신문 생물학

A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

En bioinformatikkrørledning for undersøkelse av molekylær evolusjon og genuttrykk ved hjelp av RNA-seq

DOI:

10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

Aide Macias-Muñoz, Ali Mortazavi

¹Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

00:04Introduction
00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
01:57Identify Genes of Interest
03:32Phylogenetic Trees
04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
06:20Conclusion

Summary

자동 번역

Formålet med denne protokollen er å undersøke utviklingen og uttrykket av kandidatgener ved hjelp av RNA-sekvenseringsdata.

Tags

Keywords: Bioinformatics Pipeline Molecular Evolution Gene Expression RNA-seq SRA Toolkit NCBI FASTQ Reference Genome GTF FASTA Gene Mapping Gene Expression BLAST Homologous Genes Gene Annotation MEGA

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

Molecular Evolution of the Tre Recombinase

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

En protokoll for Computer-Based Protein struktur og funksjon Prediction

Analyse av global RNA syntese på celle-nivå etter Hypoksi

Måling av Metabolic Rate i<em> Drosophila</em> Hjelp respirometri

En eksperimentell og bioinformatikk protokoll for RNA-seq Analyser av Photoperiodic Diapause i den asiatiske tiger Mosquito,<em> Aedes albopictus</em

Read Article