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Entwicklung und Prüfung artspezifischer quantitativer PCR-Assays für Umwelt-DNA-Anwendungen
JoVE 신문
환경과학
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JoVE 신문 환경과학
Development and Testing of Species-specific Quantitative PCR Assays for Environmental DNA Applications
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Entwicklung und Prüfung artspezifischer quantitativer PCR-Assays für Umwelt-DNA-Anwendungen

DOI:
10.3791/61825-v

•

08:54 min

•

November 05, 2020

•

, , ,
1Columbia Environmental Research Center,U.S. Geological Survey

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:18Generation of a Sequence Database of Mitochondrial DNA Sequences from Target and Non-target Species of Interest
  • 02:03Assay Design
  • 03:56Assay Screening and Optimization
  • 06:21Results: A. ligamentina qPCR Assay
  • 08:23Conclusion

Summary

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Umwelt-DNA-Assays erfordern eine strenge Konzeption, Prüfung, Optimierung und Validierung, bevor mit der Erfassung von Felddaten begonnen werden kann. Hier stellen wir ein Protokoll vor, um Benutzer durch jeden Schritt der Entwicklung eines artspezifischen, sonsonenbasierten qPCR-Tests zum Nachweis und zur Quantifizierung einer Zielart-DNA aus Umweltproben zu führen.

Tags

Keywords: Environmental DNAEDNAQuantitative PCRQPCRSpecies-specific AssayAssay DesignSequence AlignmentNCBIGeneiousMUSCLEPrimer DesignProbe DesignContaminationConservationWildlife Management

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