Vi beskriver en protokoll for å prøve, bevare og seksjon intakte røtter og den omkringliggende rhizosfæren jord fra våtmarksmiljøer ved hjelp av ris (Oryza sativa L.) som modellart. Når prøven er bevart, kan den analyseres ved hjelp av elementære avbildningsteknikker, for eksempel synkrotron røntgenfluorescens (XRF) kjemisk spesieringsavbildning.