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JUMPn: Una aplicación optimizada para la agrupación de coexpresión de proteínas y el análisis de redes en proteómica
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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics
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JUMPn: Una aplicación optimizada para la agrupación de coexpresión de proteínas y el análisis de redes en proteómica

DOI:
10.3791/62796-v

•

07:28 min

•

October 19, 2021

•

, , , , , , , ,
1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, 2Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, 3Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:03Setup of JUMPn Software
  • 01:31Demo Run Using an Example Dataset
  • 06:04Results: Workflow of JUMPn Software and the Protein-Protein Interaction Database
  • 07:00Conclusion

Summary

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Presentamos una herramienta de biología de sistemas JUMPn para realizar y visualizar análisis de red para datos proteómicos cuantitativos, con un protocolo detallado que incluye preprocesamiento de datos, agrupación de coexpresión, enriquecimiento de vías y análisis de red de interacción proteína-proteína.

Tags

Keywords: Protein Co-expressionClusteringNetwork AnalysisProteomicsJUMPn SoftwareCo-expression ClusteringPathway EnrichmentPPI Module DetectionUser-friendly InterfaceInteractive VisualizationPhosphoproteomicsInteractome DataWGCNA AlgorithmCo-expression PatternsTrends PlotPathway Ontology Enrichment Heatmap

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