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短読シーケンシング技術を用いた尿細菌の完全ゲノム生成のためのハイブリッド デノボ ゲノムアセンブリ
JoVE 신문
유전학
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JoVE 신문 유전학
Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies
DOI:

12:08 min

August 20, 2021

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Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
  • 03:25Sequence the Genome Library
  • 05:14Long (MinION) Reads
  • 06:55Generating Hybrid Genome Assembly
  • 08:34Assessing Assembly Quality
  • 09:34Genome Annotation
  • 10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
  • 11:37Conclusion

Summary

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このプロトコルは、尿細菌の培養、シーケンシング、および デノボ ハイブリッドゲノムアセンブリのための包括的なアプローチを詳述する。それは、尿中の植民地化、病原性、および抗菌性の普及に寄与する染色体および染色体外の両方の遺伝子要素を研究するのに有用な完全な、円形ゲノム配列の生成のための再現可能な手順を提供する。

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