Journal
/
유전학
/
Hybrid De Novo Genome Assembly for generering av komplette genomer av urinbakterier ved hjelp av kort- og langleste sekvenseringsteknologier
JoVE 신문
유전학
This content is Free Access.
JoVE 신문 유전학
Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Hybrid De Novo Genome Assembly for generering av komplette genomer av urinbakterier ved hjelp av kort- og langleste sekvenseringsteknologier

DOI:
10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

, , , , ,
1Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, 2Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
  • 03:25Sequence the Genome Library
  • 05:14Long (MinION) Reads
  • 06:55Generating Hybrid Genome Assembly
  • 08:34Assessing Assembly Quality
  • 09:34Genome Annotation
  • 10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
  • 11:37Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

Denne protokollen beskriver en omfattende tilnærming for dyrking, sekvensering og de novo hybrid genom montering av urinbakterier. Det gir en reproduserbar prosedyre for generering av komplette, sirkulære genomsekvenser som er nyttige for å studere både kromosomale og ekstrakromosomale genetiske elementer som bidrar til urinkolonisering, patogenese og antimikrobiell resistensformidling.

Tags

Hybrid Genome AssemblyUrinary BacteriaShort-read SequencingLong-read SequencingComplete GenomesGenome ArchitectureMobile Genetic ElementsCulturable BacteriaGenome ContentAdapter LigationFlow Cell PrimingDNA Library PreparationSequencing Run

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

Prosedyre for Adaptive Laboratory Utviklingen av mikroorganismer ved hjelp av en kjemostat

Utnyttelse av CyVerse Resources for<em> De Novo</em> Comparative Transcriptomics of Underserved (Non-Model) Organisms

Rensing av High Molecular Weight Genomisk DNA fra meldugg for Long-Les Sekvense

Generasjon av innfødte Chromatin Immunoprecipitation sekvensering biblioteker til Nucleosome tetthet analyse

Sjelden hendelse gjenkjenning feil-korrigert DNA og RNA sekvensering

En rask og kvantitativ metode for post-translasjonell modifikasjon og Variant aktivert tilordning av peptider å genomer

Forsterkning av nær full lengde HIV-1-Proviruses for neste generasjons sekvensering

Høy gjennomstrømming identifikasjon av regulatoriske gensekvenser med neste generasjons sekvensering av runde kromosom konformasjon fange (4C-seq)

Skille bakterier av kapselen beløpet med usammenhengende tetthet gradering

En fullstendig rørledning for isolere og sekvensering MicroRNAs, og analyserer seg benytter åpen kilde verktøy

Read Article