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固有动力学可视化工具，一种交互式应用程序，用于评估和可视化基因调控网络推理管道的输出
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JoVE 신문 생물학
Inherent Dynamics Visualizer, an Interactive Application for Evaluating and Visualizing Outputs from a Gene Regulatory Network Inference Pipeline
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固有动力学可视化工具，一种交互式应用程序，用于评估和可视化基因调控网络推理管道的输出

DOI:
10.3791/63084-v

•

10:44 min

•

December 07, 2021

•

, , , ,
1Department of Biology,Duke University, 2Department of Mathematical Sciences,Montana State University, 3Department of Mathematical Sciences,Florida Atlantic University

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:46Node Finding
  • 03:40Edge Finding
  • 05:32Network Finding
  • 08:14Results: Investigating the Core Oscillator Gene Regulatory Network of the Yeast Cell-Cycle
  • 10:06Conclusion

Summary

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固有动力学可视化工具是一个交互式可视化包，可连接到基因调控网络推理工具，以增强、简化功能网络模型的生成。可视化工具可用于为推理工具的参数化做出更明智的决策，从而提高对结果模型的信心。

Tags

Gene Regulatory NetworkInference PipelineInherent Dynamics VisualizerInteractive ApplicationVisualizationParameter ExplorationTime Series DataAnnotation FileOutput FileNumber Of ProcessesDLxJTKCutoffGene List

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