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Inherent Dynamics Visualizer, un'applicazione interattiva per la valutazione e la visualizzazione di output da una pipeline di inferenza di rete di regolazione genica
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JoVE 신문 생물학
Inherent Dynamics Visualizer, an Interactive Application for Evaluating and Visualizing Outputs from a Gene Regulatory Network Inference Pipeline
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Inherent Dynamics Visualizer, un'applicazione interattiva per la valutazione e la visualizzazione di output da una pipeline di inferenza di rete di regolazione genica

DOI:
10.3791/63084-v

•

10:44 min

•

December 07, 2021

•

, , , ,
1Department of Biology,Duke University, 2Department of Mathematical Sciences,Montana State University, 3Department of Mathematical Sciences,Florida Atlantic University

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:46Node Finding
  • 03:40Edge Finding
  • 05:32Network Finding
  • 08:14Results: Investigating the Core Oscillator Gene Regulatory Network of the Yeast Cell-Cycle
  • 10:06Conclusion

Summary

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Inherent Dynamics Visualizer è un pacchetto di visualizzazione interattivo che si collega a uno strumento di inferenza della rete di regolazione genica per una generazione migliorata e semplificata di modelli di rete funzionali. Il visualizzatore può essere utilizzato per prendere decisioni più informate per la parametrizzazione dello strumento di inferenza, aumentando così la fiducia nei modelli risultanti.

Tags

Gene Regulatory NetworkInference PipelineInherent Dynamics VisualizerInteractive ApplicationVisualizationParameter ExplorationTime Series DataAnnotation FileOutput FileNumber Of ProcessesDLxJTKCutoffGene List

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