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オープンソースのラボロボットによるショットガンプロテオミクスサンプル処理

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생화학

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JoVE 신문 생화학

Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot

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オープンソースのラボロボットによるショットガンプロテオミクスサンプル処理

DOI:

10.3791/63092-v

•

10:12 min

•

October 28, 2021

•

Yu Han³, Cody T. Thomas³, Sara A. Wennersten³, Edward Lau³, Maggie P. Y. Lam^2,3

¹Department of Medicine-Cardiology,University of Colorado Anschutz Medical Campus, ²Department of Biochemistry & Molecular Genetics,University of Colorado Anschutz Medical Campus, ³Consortium for Fibrosis Research & Translation, School of Medicine,University of Colorado Anschutz Medical Campus

Chapters

00:04Introduction
00:40Mass Spectrometry (MS) Sample Preparation with a Single Protein
04:44Peptide Clean-up Using SP3 Paramagnetic Beads
06:19MS Sample Preparation with Protein Lysate
08:37Results: Mass Spectrometry Proteomics with a Single Protein Standard Bovine Serum Albumin and a Detergent-Containing Human Heart Lysate Sample
09:44Conclusion

Summary

자동 번역

オープンソースのロボット液体処理システムを操作して、半自動タンパク質サンプル調製を行い、洗剤の除去、タンパク質消化、ペプチド脱塩のステップをカバーするための詳細なプロトコルと3つのPythonスクリプトが提供されています。

Tags

Shotgun Proteomics Automated Sample Processing Open-source Lab Robot Liquid Handling System Mass Spectrometry Protein Biochemistry Proteomic Studies Ammonium Bicarbonate DTT Temperature Control Automation Open-source Python Scripts

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