Journal
/
생물학
/
De novo Identifiering av aktivt översatta öppna läsramar med ribosomprofileringsdata
JoVE 신문
생물학
Author Produced
JoVE 비디오를 활용하시려면 도서관을 통한 기관 구독이 필요합니다.  전체 비디오를 보시려면 로그인하거나 무료 트라이얼을 시작하세요.
JoVE 신문 생물학
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

De novo Identifiering av aktivt översatta öppna läsramar med ribosomprofileringsdata

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

Översättning av ribosomer avkodar tre nukleotider per kodon till peptider. Deras rörelse längs mRNA, fångad av ribosomprofilering, producerar fotavtrycken som uppvisar karakteristisk triplettperiodicitet. Detta protokoll beskriver hur man använder RiboCode för att dechiffrera denna framträdande funktion från ribosomprofileringsdata för att identifiera aktivt översatta öppna läsramar på hela transkriptomnivån.

Tags

Keywords: Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

check_url/kr/63366?article_type=v

Protein visdom: En Workbench för<em> I silico</em><em> De novo</em> Design av biomolekyler
check_url/kr/63366?article_type=v

Analys av Translation Initiation Under Stress villkor genom polysom ​​Profilering
check_url/kr/63366?article_type=v

Arbetsflöde för hög halt, Individuell Cell Kvantifiering av fluorescerande markörer från Universal Mikroskop Data, som stöds av Open Source Software
check_url/kr/63366?article_type=v

Kromatin Immunoprecipitation analys för identifiering av Arabidopsis Protein-DNA-interaktioner<em> In Vivo</em
check_url/kr/63366?article_type=v

En enkel metod för växt polysom ​​Profiling
check_url/kr/63366?article_type=v

Cellulär redoxprofilering med hög innehållsmikroskopi
check_url/kr/63366?article_type=v

Anläggningen arrangören analys: Identifiering och karakterisering av roten knöl specifika promotorn i gemensamma bönan
check_url/kr/63366?article_type=v

De Novo Generation av somatiska stamceller av YAP/TAZ
check_url/kr/63366?article_type=v

IR-TEx: ett open source data integreringsverktyg för stordata transcriptomics avsedda för malaria vektorn Anopheles gambiae
check_url/kr/63366?article_type=v

Worm-align och Worm_CP, två Open-Source Pipelines för Räta och kvantifiering av fluorescens bilddata erhålls från Caenorhabditis elegans

Read Article