January 22nd, 2008
鼠尾样品的完整的基因分型,包括组织消化和PCR读数,是在一个和一个半小时使用Sigma的SYBR绿色提取N -安培组织PCR试剂盒。
嗨,我叫 Linda,在加州大学尔湾分校 Edwin Niki 博士的实验室工作。今天,我将向您展示如何使用 stigma 的 Cyber green,提取组织 PCR 试剂盒来快速对小鼠进行基因分型或转基因小鼠。通常,当我进行急性解离细胞培养时,我会使用这个试剂盒对胚胎小鼠进行基因分型,我需要快速、快速地找出小鼠的基因型。
但就今天而言,我们有成年小鼠尾巴,我们可以在其中向您展示我如何使用这个工具包。该方案包括快速的艾尔消化和 DNA 提取,然后是快速的中和步骤。我们在实时 PCR 中使用提取的 DNA,在那里我们可以监测我们的 PCR 扩增子。
因此,如果您准备好了,让我们开始吧。因此,在开始之前,我们要确保将加热块设置为 95 摄氏度,确保我们的 Cyber Green 已解冻并保存在冰上,直到需要为止,并且我们的其他试剂已解冻至室温。在我的冰桶里,我有我的两个引物,我们将使用它们进行基因分型,它们是专门为我们的目标基因设计的,并针对 QPCR 进行了验证。
我还有目标基因的阳性对照和阴性对照,以及我已经从成年小鼠那里收集的组织样本。现在,当您采集组织样本时,非常严格非常重要。当我们收集胚胎小鼠尾巴时,我们总是在每次组织收集之前和之前用 70% 乙醇冲洗镊子。
我们总是在 TBS 中冲洗尾部样品,首先您必须为每个尾部制作组织制备和 DNA 提取的预混液,您将需要 100 微升的提取溶液和 25 微升的组织制备溶液。我将使用我的 P 200 和过滤移液器吸头,将 100 微升提取溶液和 25 微升组织制备溶液量出到新的 eend rph 管中。您将需要通过上下移液来混合预混液溶液。
因此,您需要将 125 μL 预混液添加到您的目标预混液中,确保如果是成年小鼠尾巴,则切割端完全浸没在主麦克风溶液中,您可以用手指涡旋,并在室温下孵育 10 分钟。在 10 分钟的孵育过程中,我将准备我最喜欢的绿色预混液,其中包括他们包含在试剂盒中 milli Q 或 PCR 级水的苹果酒绿色预混液,以及我们的引物、一些 PCR 级水以及我们的正向和反向引物。就是这样。
现在 10 分钟的孵育已经结束,我们必须在 95 度下加热并激活反应 3 分钟。我们的 3 分钟灭活已经完成,现在我们将添加试剂盒中提供的中和溶液,我们将每个反应添加 100 微升,您将通过涡旋混合。添加中和缓冲液后,您的 DNA 样品可以储存在 4 摄氏度下,直到您准备好使用它们。
我们实际上需要立即获得我们的基因型。所以我们立即进入 QPCR,这样我的尾巴就被中和了,准备好了。我的 Cyber Green PCR 预混液已准备就绪,并且已将 PCR 管设置在冷块上。
我现在要做的就是向每个孔中加入 16 微升预混液,然后向每个孔中加入 4 微升共融提取物或 4 微升阳性或阴性对照。好吧,我所做的只是在每笔财富中加入 16 微升的预混液。然后,我将 4 微升中和提取物添加到孔中的 60 微升预混液中,总共 20 微升反应体积。
我将对阳性和阴性对照执行相同的作。加入 4 μL 至 16 μL 的 PPR 预混液。一旦它们全部添加,您就可以用光学透明的 8 盖条盖住它们。
您需要小心,不要触摸样品上方的瓶盖透明部分。所以我用 Kim 抹布向下推 Caps 以确保它们被密封。因此,我轻轻涡旋我们的 PCR 和 DNA 混合物,并将它们离心下来,现在我们准备将它们放入 QPCR 机器中。
我们要做的是,首先,我们将样品加载到 Opticon PCR 机器中,然后设置一个新的板,我们的第一个孔将是我们的样品。我们的第二个孔将是我们的阳性对照,第三个孔是我们的阴性对照,发现我们的反应体积总共为 20 微升。接下来,我将加载一个专为快速基因分型的人设计的方案。
该协议包括一个 3 分钟的变性步骤,一个 15 秒的变性循环,15 秒的初次跪下,然后是 20 秒的初次伸展。现在,主扩展油箱实际上可以下降到大约 10 秒,总共只有 40 秒。对于每个循环,我们让这三个步骤像普通 PCR 一样循环大约 40 次,然后在结束时我们获取熔解曲线。
因此,我们已经设置了板并加载了我们的方案。我们现在要做的就是运行我们的 QPCR,它从 3 分钟的变性物质开始。根据我的经验,使用我正在使用的引物和尾部样本,以及您寻找我正在寻找的基因,我知道我的阳性结果将在 25 个周期左右开始出现,跨越一个显著性周期阈值。
现在,何时交叉在很大程度上取决于您的组织样本、您要寻找的内容以及最初存在的 DNA 量。所以我们已经可以看到我们的阳性对照已经出现,看起来我们的样本也是阳性的。如您所见,在我们阳性对照之后,它开始出现一点。
我们仍然需要等待它结束,因为它只有 27 个循环,但希望再过几个循环,我们可以确定我们的样本是阳性的,然后我可以继续我的实验。此时,你可以看到阴性对照刚刚开始出现,那是因为我服用了过多的尾巴。这有助于您确保在这个多余的负尾之前出现的任何东西都是正的。
所以在这一点上,任何在负数之前出现的东西,我都会认为是正的,然后我会继续我的实验。PCR 完成循环后,机器进行熔解曲线分析。这将帮助您确定产品的成分和纯度。
这样,您可以判断是否正确选择了阳性和阴性样本。例如,阳性样品将具有特定的尖锐熔解温度峰,该峰对应于扩增的特定 PCR 产物。任何阴性样品都将具有非特异性宽熔解温度峰,对应于在 PCR 过程中扩增的非特异性 DNA。
我刚刚向您展示了我们如何使用 Sigma 的 Cyber Green 提取放大器对成年小鼠尾巴进行快速基因分型。但是这个试剂盒可以与各种动物组织、毛发、唾液一起使用,我用它来对小鼠胚胎尾巴进行基因分型。我们喜欢使用这个套件,因为它非常快速。
我可以在一小时内取回我的基因型,这非常方便和简单。所以感谢收看,祝你好运。
本文展示了一种使用Sigma的SYBR Green Extract-N-Amp组织PCR试剂盒对转基因小鼠进行快速基因分型的方法。该协议允许在大约一个半小时内完成对小鼠尾部样本的全面基因分型。