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Cura di librerie chimiche computazionali dimostrate con alfa-amminoacidi
JoVE 신문
화학
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JoVE 신문 화학
Curation of Computational Chemical Libraries Demonstrated with Alpha-Amino Acids
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Cura di librerie chimiche computazionali dimostrate con alfa-amminoacidi

DOI:
10.3791/63632-v

•

08:21 min

•

April 13, 2022

•

,
1Biological Sciences Department,University of Maryland-Baltimore County, 2Institute for Inorganic and Analytical Chemistry,Friedrich-Schiller University

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:49Software and File Downloads
  • 01:42Structure Generation Using MAYGEN
  • 02:11Filter Compounds with Undesired Substructures
  • 03:31Additional Structure Modifications and Descriptor Generation
  • 05:22Results: Chemical Space of All Filtered Amino Acid Libraries, Mean van der Waals Volumes and Mean XLogP Values of Libraries with and without Sulfur, and Effects of a Trivalent Pseudoatom on MAYGEN Structure Generation
  • 07:22Conclusion

Summary

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Lo scopo di questo protocollo è quello di generare e curare in modo efficiente librerie di strutture a piccole molecole utilizzando software open source.

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Keywords: Computational Chemical LibrariesAlpha-amino AcidsOpen Source SoftwareDrug DiscoveryIn Silico ScreeningMaygenAnacondaRDKitJupyter NotebooksSubstructure FilteringSMARTS Patterns

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