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Candida albicans में प्रतिलेखन कारक-डीएनए बाइंडिंग इंटरैक्शन की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग: एक व्यापक CUT&RUN विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो

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JoVE 신문 생물학

Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

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Candida albicans में प्रतिलेखन कारक-डीएनए बाइंडिंग इंटरैक्शन की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग: एक व्यापक CUT&RUN विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो

DOI:

10.3791/63655-v

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07:48 min

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April 01, 2022

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Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Chapters

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

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यह प्रोटोकॉल लक्ष्य के तहत दरार के लिए एक प्रयोगात्मक विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो का वर्णन करता है और मानव कवक रोगज़नक़ कैंडिडा अल्बिकन्स में न्यूक्लिएज (CUT &RUN) का उपयोग करके जारी करता है।

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जीनोम चौड़ा Aminoacylation tRNA (चार्ज) स्तर प्रोटीन का उपयोग का विश्लेषण

जीनोम चौड़ा चिप का उपयोग isoform विशेष जीन लक्ष्य पहचानें विश्लेषण

एक मात्रात्मक स्वास्थ्य विश्लेषण कार्यप्रवाह

विविध ChIPseq डेटा प्रकार के एक उपन्यास Bayesian बदलें बिंदु जीनोम चौड़ा विश्लेषण के लिए एल्गोरिथ्म

एक जीनोम व्यापक पैमाने पर Polysome Fractionation और स्तनधारी Translatomes का विश्लेषण

लौकिक के साथ कोशिकाओं में ड्रग-डीएनए सहभागिता के जीनोम चौड़ा मानचित्रण (छोटे अणुओं की crosslinking Chromatin को अलग करने के लिए)

DamID-सेक: Adenine-methylated डीएनए टुकड़े के उच्च throughput अनुक्रमण द्वारा प्रोटीन डीएनए सहभागिता के जीनोम चौड़ा मानचित्रण

Histone बाद translational संशोधनों के विश्लेषण के लिए पूरा कार्यप्रवाह नीचे अप मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग: Histone निकासी से डेटा विश्लेषण करने के लिए

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