Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in <em>Candida albicans</em>: A Comprehensive CUT&amp;RUN Method and Data Analysis Workflow

Mohammad N. Qasim; Ashley Valle Arevalo; Akshay D. Paropkari; Craig L. Ennis; Suzanne S. Sindi; Clarissa J. Nobile; Aaron D. Hernday

doi:10.3791/63655

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Profilazione a livello di genoma delle interazioni di legame tra fattore di trascrizione e DNA in Candida albicans: un metodo CUT&RUN completo e un flusso di lavoro di analisi dei dati

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Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

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Profilazione a livello di genoma delle interazioni di legame tra fattore di trascrizione e DNA in Candida albicans: un metodo CUT&RUN completo e un flusso di lavoro di analisi dei dati

DOI:

10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Chapters

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

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Questo protocollo descrive un metodo sperimentale e un flusso di lavoro di analisi dei dati per la scissione sotto bersagli e il rilascio utilizzando la nucleasi (CUT & RUN) nel patogeno fungino umano Candida albicans.

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