Protokollen beskrevet her giver detaljerede instruktioner om, hvordan man analyserer genomiske regioner af interesse for mikroproteinkodningspotentiale ved hjælp af PhyloCSF i den brugervenlige UCSC Genome Browser. Derudover anbefales flere værktøjer og ressourcer til yderligere at undersøge sekvensegenskaber for identificerede mikroproteiner for at få indsigt i deres formodede funktioner.