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전체 게놈 시퀀싱을 사용하는 Oreochromis spp. 농장에서 파생된 병원성 대장균 균주의 특성 분석

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JoVE 신문 유전학

Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

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전체 게놈 시퀀싱을 사용하는 Oreochromis spp. 농장에서 파생된 병원성 대장균 균주의 특성 분석

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

자동 번역

벤치탑 기기를 사용한 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 전략의 실현 가능성은 실험실 환경에서 공중 보건과 관련된 모든 미생물의 게놈 조사를 단순화했습니다. 박테리아 WGS에 대한 워크 플로우의 방법 론적 적응이 설명되고 분석을위한 생물 정보학 파이프 라인도 제시됩니다.

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Keywords: Whole-genome Sequencing WGS Antimicrobial Resistance Pathogenic Escherichia Coli Oreochromis Spp. Farms Next-generation Sequencing DNA Extraction Tagmentation Indexing PCR Magnetic Bead Purification

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