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생화학

Criblage de la structure de l’ARN avec le profilage mutationnel du sulfate de diméthyle avec séquençage in vitro et dans les cellules

JoVE 신문
생화학

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JoVE 신문 생화학

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

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Criblage de la structure de l’ARN avec le profilage mutationnel du sulfate de diméthyle avec séquençage in vitro et dans les cellules

DOI:

10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

Sarah-Luisa Dülk, Silvia Rouskin

¹Department of Microbiology,Harvard Medical School

Chapters

00:04Introduction
00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
07:17Analysis of the Sequencing Data
08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
10:00Conclusion

Summary

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Le protocole fournit des instructions pour modifier l’ARN avec du sulfate de diméthyle pour les expériences de profilage mutationnel. Il comprend le sondage in vitro et in vivo avec deux méthodes alternatives de préparation de bibliothèque.

Criblage de la structure de l’ARN avec le profilage mutationnel du sulfate de diméthyle avec séquençage in vitro et dans les cellules

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