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Sondando a estrutura do RNA com perfil mutacional de sulfato de dimetilo com sequenciamento in vitro e em células
JoVE 신문
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JoVE 신문 생화학
Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

Sondando a estrutura do RNA com perfil mutacional de sulfato de dimetilo com sequenciamento in vitro e em células

DOI:
10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

,
1Department of Microbiology,Harvard Medical School

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
  • 02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
  • 04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
  • 07:17Analysis of the Sequencing Data
  • 08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
  • 10:00Conclusion

Summary

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O protocolo fornece instruções para modificar o RNA com sulfato de dimetilo para experimentos de perfil mutacional. Inclui sondagem in vitro e in vivo com dois métodos alternativos de preparação de bibliotecas.

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Keywords: RNA StructureDMS-MaPSequencingIn VitroIn CellsRNA Structure EnsembleBiological ResearchRefolding BufferDimethyl SulfateBeta-mercaptoethanolSpectrophotometerTGIRTComplementary DNAPCR

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