एकल-कोशिका/एकल-नाभिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स और बहु-ओमिक्स की सफलता काफी हद तक कोशिकाओं/नाभिक की गुणवत्ता पर निर्भर करती है। इसलिए, ऊतक से कोशिकाओं/नाभिकों को अलग करना और उनकी शुद्धि को अत्यधिक मानकीकृत किया जाना चाहिए। यह प्रोटोकॉल डाउनस्ट्रीम सिंगल-न्यूक्ली मल्टीओम परख के लिए मस्तिष्क और अस्थि मज्जा से नाभिक की तैयारी का वर्णन करता है।