Back to chapter

1.8:

Genom Boyutu ve Yeni Genlerin Evrimi

JoVE Core
Biologia Molecular
É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo.  Faça login ou comece sua avaliação gratuita.
JoVE Core Biologia Molecular
Genome Size and the Evolution of New Genes

Idiomas

COMPARTILHAR

Genetik kodun basit yapısına rağmen genom boyutu açısından önemli farklılıklar vardır;bu fark 160.000 baz çiftinden daha azına sahip proteobakteriler Candidatus Carsonella ruddii de dahil olmak üzere bilinen en küçük genomlardan, yaklaşık 150 milyar çifte sahip Japon çiçekli bitkisi Paris japonica gibi en büyüğüne kadar değişebilir. Bu aşırı uçlara rağmen, bakteri ve arkelerin genomlarında genellikle yaklaşık 3.000 gen bulunur. Prokaryotlarda kodlayıcı olmayan dizi sayısı neredeyse sıfır olduğundan, bu onların genomlarının, ökaryotlara kıyasla nispeten daha küçük olabileceği anlamına gelir.Daha küçük genom, aynı zamanda, hücre bölünmesinin her turunda daha az kopyalanacak şey olacağı anlamına gelir;bu da hızlı üreme için lojistik olarak uygundur. Ökaryotlar tipik olarak 20.000 civarında gene sahiptir, ancak genomlarının arasında kodlamayan dizilerden oluşan uzun parçalar bulunmaktadır, yani genomlarının büyük olması kompleks oldukları anlamına gelmeyebilir. Paris japonica genomu, insan genomundan 50 kat büyük olabilir;ancak bu, daha fazla yeni genden değil, kısmen büyük miktarlarda kodlamayan diziden ve muhtemelen yüksek düzeyde duplikasyondan kaynaklanmaktadır.Peki organizmalar nasıl evrimleşerek yeni genler kazanıyor? Cevap genellikle zaten var olan dizinin değiştirilmesidir. Yeni genlerin evrimleşmesi için ana kaynaklardan biri, gen duplikasyonudur.Bir gen içeren bir DNA bölümünün yanlışlıkla duplikasyona uğradığını düşünelim. Bu durumda organizmada mevcut bir genin ikinci bir kopyası bulunacaktır. Bu tür yeni gen kopyaları, işlevi sürdürmek için orijinalinde bulunan kısıtlamalardan muaftır.Dolayısıyla farklılaşabilirler;evrimleşerek yeni bir rol veya orijinalinkinden farklı bir işlev kazanma potansiyeline sahiptirler. Yeni genler yaratılmasının bir başka yolu da mevcut bir genin veya gen kopyasının parçalarının ayrıldığı ve farklı bir geninkilere katılmak için hareket ettiği ve yeni bir işlev üstlenebilecek hibrit bir gen oluşturduğu DNA karıştırmasıdır. Bir gen dizisinde zamanla mutasyonlarla ortaya çıkan değişiklikler olan intragenik mutasyon, birçok yeni genin kaynağıdır.Bu ayrışma birbirinden bağımsız olarak ayrışan türleri veya soyları karşılaştırırken en belirgin olarak görülür. Bu ayrışma belirli bir noktanın ötesine geçtiğinde veya bir gen yeni bir işlev üstlendiğinde, tamamen farklı genler olarak sınıflandırılabilirler. Son olarak, yatay gen transferi, diğer bireyler ve hatta diğer türler gibi dış kaynaklardan genoma yeni genler ve diziler getirir.Bu şekildeki yeni gen edinimi, en çok prokaryotlarda ve arkelerde yaygındır ve antibiyotik direnci genlerinin transferi bunun çok bilinen bir örneğidir. Bu olay ökaryotlarda nadir olmakla birlikte, yine de genetik yeniliğin temel bir kaynağı olarak görülmektedir. Ve genetik materyal, bu örnekteki bakteri ve mantarlar gibi uzak akraba türlerden bile alınabilir.

1.8:

Genom Boyutu ve Yeni Genlerin Evrimi

Her canlı organizmanın bir tür genomu (ister RNA ister DNA olsun) olsa da, bu taslakların boyutlarında önemli farklılıklar vardır. Genom boyutunu etkileyen önemli bir faktör, organizmanın prokaryotik mi yoksa ökaryotik mi olduğudur. Prokaryotlarda, genom, çok az kodlamayan dizi içerir veya hiç içermez. Öyle ki genler, kromozom boyunca sıralı olarak gruplar veya operonlar halinde sıkıca kümelenir. Ökaryotlardaki genler ise, kodlamayan dizinin uzun uzantıları ile noktalanır. Genel olarak bu, prokaryotik genomların ortalama olarak ökaryotlardan daha küçük olma (yani daha az baz içermesi) olgusuna katkıda bulunur.

Şaşırtıcı olmayan bir şekilde, bu gözlem göz önüne alındığında, bilinen en küçük genomlar çoğunlukla prokaryotlardır. Örneğin Candidatus Carsonella rudii, genom boyutu sadece 160 bin baz çifti olan oldukça basitleştirilmiş bir proteobakteridir. Hayati öneme sahip proteinleri sentezlemek için ihtiyaç duyduğu birçok geni kaybettikten sonra, zorunlu bir hücre içi simbiyota evrilmiştir. Yelpazenin diğer ucunda, ökaryot Japon çiçekli bitki Paris japonica, yaklaşık 150 milyar baz çiftiyle bilinen en büyük genomlardan biridir. Bunun kodladığı genlerin sayısı bilinmemekle birlikte, genom büyük miktarda duplikasyon ve kodlamayan dizi gösterir.

Ortalama bir prokaryotun genomu içinde kabaca 3.000 gen vardır. Ortalama ökaryotun 20.000 civarında gen bulunmaktadır. Ancak, özellikle ökaryotlarda genom boyutu, büyük ölçüde kodlamayan dizinin miktarına bağlı olarak fazlaca değişkendir.

Yeni Genlerin Yaratılışı

Yeni genler geliştirmek için organizmaların birkaç ana seçeneği vardır. Bunların çoğunun ortak özelliği, zaten var olan dizileri değiştirmeleridir.

Çoğaltma, yeni genlerin yaratılmasında önemli bir rol oynar ve bu yeni dizilerle sonuçlanabilecek birkaç tür çoğaltma vardır. Gen duplikasyonunda, bir gen içeren DNA'nın bir bölümü kopyalanır. Bu ikinci kopya, birinciyi kısıtlayan seçim baskısıyla karşı karşıya değildir ve bu nedenle farklılaşabilir. Zamanla bu, yeni rollerle yeni genlerin evrimine yol açabilir.

Başka bir çoğaltma türü – DNA karıştırma – bir genin yalnızca bir bölümünün kopyalanması ve başka bir gene katılmasıyla sonuçlanabilir. Bu, yeni ürünlerle yeni genlerin yaratılmasına neden olabilir.

Bazen yeni genler zamanla biriken mutasyonlardan evrimleşir. Bu, intragenik mutasyon olarak bilinir ve türler veya farklı popülasyonlar arasında karşılaştırıldığında fark edilir.

Son olarak, yatay gen transferi olarak bilinen bir süreçte dış kaynaklardan yeni genler elde etmek de mümkündür. Bu, genetik materyalin diğer bireylerden, bazen aynı türden, ancak potansiyel olarak tamamen başka türlerden de dahil edilebileceği anlamına gelir. Bu, prokaryotlarda ve arkealarda sık görülen yeni gen kaynağıdır. Ökaryotlarda daha az yaygındır, ancak ortaya çıktığı gösterilmiştir ve ökaryotlar, bakteriler veya mantarlar kadar uzak kaynaklardan bile genetik bilgi alabilirler.