Полуавтоматическая оптического анализа Heartbeat малых сердца
Summary
Мы разработали Полуавтоматическая Оптический метод анализа Heartbeat (Соха) для анализа высокоскоростных оптических записи с<em> Drosophila</em>, Данио и сердца эмбриональных мыши. Мы демонстрируем применения нашей методологии анализа функции сердца в плодовой мухи и эмбрионального сердца мыши.
Abstract
Мы разработали метод анализа высокоскоростных оптических записи с<em> Drosophila</em>, Данио и эмбриональных мыши сердца (Fink, и. Др.., 2009). Наши Полуавтоматическая оптического анализа Heartbeat (Соха) использует новый алгоритм обнаружения движения, которое в состоянии обнаружить сердечные движения, связанные с отдельными сократительной и релаксации событий. Программа предоставляет множество физиологически соответствующих показаний в том числе систолического и диастолического интервалами, частота сердечных сокращений, а также качественные и количественные показатели сердцебиения arrhythmicity. Кроме того, программа вычисляет измерения диаметра сердца во время обеих диастолу и систолу, из которых фракции укорочения и дробные изменения области рассчитываются. Выходной предоставляется в качестве цифровой файл, совместимый с большинством программ электронной таблицы. Измерения производятся для каждого сердцебиения в записи увеличения статистической мощности на выходе. Мы показываем, каждый из шагов, где пользователя не требуется и показать применение нашей методологии анализа сердечной деятельности во всех трех генетически послушный модели сердца.
Protocol
Discussion
Модель Drosophila оказался мощный генетический инструмент, который был использован для решения различных научных вопросов, начиная от эмбрионального развития к обучению и память. В последнее время этот универсальный организм модели был использован для исследования генетики функции серд?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
КО и переменного тока, поддерживаются грантов и стипендий, начиная с Американской ассоциации сердца. SIB и РБ, поддерживаются грантами NIH.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| MatLab software | Math Works, Inc | Required environment for the analysis software. | ||
| EM-CCD digital camera | Hamamatsu Corp. | 9100 or 9300 | Other high speed digital cameras will also work. | |
| HC image data capture software | Hamamatsu Corp. | Other image capture software that produces movies in avi format will also work. | ||
| Light Microscope with 10x objective | Leica | A dipping lens that eliminates the air water interface greatly improves resolution |
References
- Cammarato, A., Dambacher, C. M., Reedy, M. C., Knowles, A. F., Kronert, W. A., Bodmer, R., Ocorr, K., Bernstein, S. I. Myosin Transducer mutations differentially affect motor function, myofibril structure, and the performance of skeletal and cardiac muscles. Mol Biol Cell. 19 (2), 553-562 (2008).
- Ocorr, K., Reeves, N., Wessells, R. J., Fink, M., Chen, H. -. S. V., Akasaka, T., Yasuda, S., Metzger, J., Giles, W., Posakony, J. W., Bodmer, R. KCNQ potassium channel mutations cause cardiac arrhythmias in Drosophila that mimic the effects of aging. Proc Natl Acad Sci U S A. 104, 3943-3948 (2007).
- Fink, M., Callol-Massot, C., Chu, A., Ruiz-Lozano, P., Izpisua Belmonte, J. C., Giles, W., Bodmer, R., Ocorr, K. A new method for the detection and quantification of heartbeat parameters in Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts. Biotechniques. 46, 101-113 (2009).
