一种快速高通量的方法映射核糖核蛋白（RNPs）人类的前体mRNA
Summary
由于mRNA前体的瞬态的性质，它可以很难分离和研究<em>在体内</em>。在这里，我们提出了一种新<em>在体外</em>调查使用一种人工合成的寡核苷酸池的RNA -蛋白质相互作用的方法，整个选定区域的前体mRNA的瓷砖。
Abstract
测序合作与RNA结合蛋白免疫沉淀（CO – IP）增加表明装订位置的RNA拼接的认识，往往影响一个剪接因子的功能。然而，与任何抽样策略确定绑定到剪接因子一种RNA的机会是其细胞丰度成正比。我们已经开发出一种在体外培养的方法的前体mRNA上，否则瞬态测量结合的特异性的小说。这种方法采用了专门设计的寡核苷酸池，跨内含子，外显子剪接路口，或其他前体mRNA的瓷砖。池是受到某种分子选择。在这里，我们展示了通过分离成一个绑定和非绑定小数寡核苷酸的方法，利用两种颜色的数组战略，在绑定的分数记录每一个寡核苷酸的富集。阵列中的数据能够识别特定序列和结构determinates核蛋白（RNP）的前体mRNA结合生成高分辨率地图。这种方法具有独特的优势是它的能力，以避免对当前的IP和SELEX技术与相关的基因的抽样偏差，池是专门设计和合成的前体mRNA序列。寡核苷酸池的灵活性是另外一大优势，因为实验者选择哪个地区的研究和瓷砖跨他们的个性化需求，剪裁池。使用这种技术，可以检测约束力的大规模成一个功能的剪接记者的克隆库，并确定是在所包含的部分丰富的寡核苷酸多态性或突变的影响。这小说在体外高分辨率测绘计划提供了一个独特的方式来研究瞬态mRNA前体的物种，其丰度低，使得他们难以电流在体内的技术研究与RNP的相互作用。
Protocol
Discussion
执行此过程时，重要的是记住，池创建灵活和开放的修改，在RNA或蛋白质水平。在RNA水平同源地区，疾病基因突变，多态性，或随机突变可以被引入到寡核苷酸序列。在蛋白质水平的RNA结合因子可以修改的磷酸化或其他翻译后修饰。此外，具有约束力的环境可以被操纵，以增加或减少交互或与RNA结合蛋白的利益竞争的其他因素的水平。
