视频人类胚胎干细胞克隆生长的生物信息学分析

Summary

视频生物信息学的自动化处理，分析，理解，并从微观的影片中提取的生物时空数据的数据挖掘。本文的目的是为了演示使用视频生物信息学方法测量人类胚胎干细胞集落增长的方法。

Abstract

由于视频数据是复杂的，包括许多图像，视频素材的挖掘信息是很难做到的，没有计算机软件的援助。视频生物信息学是一个强大的的，从视频图像中提取的时空数据，使用计算机软件来进行约会的挖掘和分析的定量方法。在这篇文章中，我们引入了视频生物信息学方法，通过分析时间推移视频配备了视频成像相机在尼康BioStation的CT孵化器收集量化的人类胚胎干细胞（胚胎干细胞）的生长。在我们的实验中，连接到基质胶的人类胚胎干细胞菌落，48小时在BioStation CT拍摄。要确定这些殖民地的增长速度，配方使用CL – QUANT软件，该软件使用户能够从视频图像的数据中提取各类开发。为了准确地评价菌落生长，创建三个配方。第一分段成殖民地和背景，第二次提高了图像准确定义整个视频序列的殖民地，第三的图像测量的像素数，在随着时间的推移殖民地。这三个配方在BioStation CT收集的数据来分析个别的人类胚胎干细胞菌落生长率超过48小时的视频序列中运行。为了验证CL – QUANT食谱的真实性，同样的数据进行了分析手动使用Adobe Photoshop软件。当所获得的数据使用CL – QUANT食谱和Photoshop进行了比较，结果几乎相同，表明CL – QUANT食谱是真实的。这里所描述的方法可以适用于任何视频数据来衡量人类胚胎干细胞或其他细胞生长在殖民地的生长率。此外，其他视频生物信息学的配方可以如其他细胞迁移，细胞凋亡和细胞粘附过程的未来发展。

Protocol

第1部分：实验步骤视频数据包含了丰富的信息。然而，这些信息往往是难以提取和手工完成人类和人员时间可能需要许多小时才能完成。人类的人工分析也受到解释和错误的变异。视频生物信息学涉及计算机软件的使用矿从视频图像中的特定数据。这种分析方法是快速，并能消除发生的错误的分析是通过人类手动。本文的目的是表现出人类胚胎干细胞菌落生长，使用视频生物?…

Discussion

迅速从视频图像中提取数据，视频生物信息学工具是强大的。我们量化人类胚胎干细胞菌落生长的协议演示视频生物信息学的应用到生物问题。这种方法是定量的和有趣的功能，从个别的人类胚胎干细胞的殖民地揭示数据。视频生物信息学的配方，可以发展到其他细胞的过程进行监控，如增殖，迁移，凋亡，细胞附着到基板，到邻近的细胞和细胞附着。配方的准确性进行了验证使用Photoshop使用CL -…

Materials

Material Name	Tipo	Company	Catalogue Number	Comment
mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium		Stem Cell Technologies	05850	or any suitable medium for hESC culture.
BD Matrigel		BD Bioscience	356234	or other suitable substrate.
DMEM/F12 Basal Medium		Invitrogen	11330-032
Phosphate Buffered Saline without Ca2+ and Mg2+
Accutase Enzyme Cell Detachment Medium		eBioscience	00-4555-56	or other suitable detachment enzyme.
3mm Glass beads		Fisher Scientific	11-312A	optional.
12-well Tissue Culture Plates		BD Falcon	353043	or any other plate format.
Nikon BioStation CT/IM				or other incubator/microscope suitable for collecting video data.
CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).