하여 HIV - 1 V3 루프 크라운 R2 시퀀스 Immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는
Summary
HIV – 1의 표면 봉투 당단백질 (gp120)의 다른 V3 루프 시퀀스의 왕관 지역은 구조 위치의 silico 폴딩에 의해 대부분의 경우 특색 수있는 최첨단의를 사용하여 루프의 10-22<em> 순이 론적</em> 접는 알고리즘. 여기 우리는 HIV – 1의 R2 스트레인, 기괴 기능적 특성을 가진 독특한 중화 민감한 변형에서 V3 루프의이 지역의 접는 및 평가를 보여줍니다.
Abstract
HIV – 1의 antigenic 다양성 길이 백신 설계에 장애물을하고 있으며,이 변화는 특히 바이러스 '표면 봉투 당단백질의 V3 루프의 발음입니다. 우리는 이전에 V3 루프의 왕관,하지만 역동적이고 순서 변수, immunologically 관련 β – 헤어핀 차 구조 HIV – 1 바이러스의 인구에 걸쳐 제약이 있다고 제안했습니다. 중요한 것은, 다른 V3 루프 왕관 시퀀스 수천 crystallography 나 NMR에 의해 어렵거나 불가능 바이러스의 다양성에 걸쳐 트렌드의 3D 구조 특성 만들기, HIV – 1 바이러스를 순환에 있습니다. V3 왕관 1, 2 접는과 함께 이전의 성공적인 연구 ICM – PRO 분자 모델링 소프트웨어 패키지 (Molsoft LLC, 라 호야, CA)에 접근 순이 론적 알고리즘 3 사용하고 제안하는 V3 루프의 왕관, 구체적으로부터 위치 10-22 충분한 유연성과 자유롭게 솔루션 접는 거리낌없는 펩타이드 것처럼 큰 정도로 동작하기 위해 측면 줄기의 길이에서 혜택을 제공합니다. 60000의 개별 변형의 V3 루프의 그냥이 부분 등, 빠른 순이 론적 접는로 + 순환 HIV – 1 계통 정보를 수 있습니다. 여기, 우리는 독특한 속성의 구조적 기초에 대한 통찰력을 얻으려면 R2 변형의 V3 루프를 접어. R2는 환자와 단클론 항체 세라 4 5 중화이 변형의 아름다운 감성에 대한 책임 것으로 생각 드문 V3 루프 시퀀스를 맺는다. 변형 CD4 독립 감염 mediates하고 널리 중화 항체를 이끌어내는 것으로 나타났습니다. 우리는 접는의 결과 평가가 R2에 대한 관찰 면역 활동과 접는에서 관찰 구조와 연결에 대한 정보를 수있는 방법을 보여줍니다.
Protocol
Discussion
순이 론적 접힘은 차 구조 특성, 순차적으로 각각의 아미노산을 공부에서 뚜렷하지 않을 수있는 효과를 나타낸다. R2 V3 루프 왕관 몇 가지 이전에 애매한 구조 특성은 접는 시뮬레이션에 의해 공개됩니다. 이러한 관찰 구조적 환경 즉 R2 스트레인, 중화 및 hyperinfectivity 5 감도의 관찰 기능 특성과 상관 관계 수 있습니다.
첫째, 위치 12-14에서 R2의 V3 크라운의 N – ?…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
작품은 DP2 OD004631와 R01 AI084119 포함한 빌 앤드 멜린다 게이츠 재단 (# 38631)와 NIH에서 교부금에 의해 지원되었다.
Materials
| Material Name | Tipo | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| ICM-Pro | Molsoft LLC |
Referências
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