Facilitare l'analisi dei dati immunologici con Visual tecniche analitiche
Summary
Visual analytics (VA) è un nuovo approccio di analisi dei dati in modo interattivo. In questo video si discute il problema di sovraccarico di dati causata da esperimenti biologici high-throughput, VA e proporre come soluzione a tale problema. Il video mostra l'analisi all'interno e tra le serie di dati immunologici usando uno strumento chiamato Tableau VA.
Abstract
Visual analytics (VA) è emerso come un nuovo modo di analizzare insieme di dati di grandi dimensioni attraverso interattivo di visualizzazione. Abbiamo dimostrato l'utilità e la flessibilità di un approccio VA nell'analisi dei set di dati biologici. Esempi di questi set di dati in immunologia comprendono citometria a flusso, i dati di Luminex, e la genotipizzazione (ad esempio, singolo polimorfismo del nucleotide) di dati. Contrariamente all'approccio tradizionale visualizzazione delle informazioni, VA ripristina la potenza di analisi nelle mani di analista, consentendo l'analista di impegnarsi in tempo reale processo di esplorazione dei dati. Abbiamo scelto il software VA chiamato Tableau dopo aver valutato diversi strumenti VA. Due tipi di attività di analisi di analisi all'interno e tra i set di dati sono state dimostrate nel video di presentazione con un approccio chiamato analisi associati. Analisi appaiati, come definito in VA, è un approccio di analisi in cui un esperto strumento VA lavora fianco a fianco con un esperto di dominio durante l'analisi. L'esperto di dominio è colui che capisce il significato dei dati, e pone le domande che i dati raccolti potrebbero affrontare. L'esperto strumento crea poi visualizzazioni per aiutare a trovare modelli nei dati che potrebbero rispondere a queste domande. Il breve intervallo di tempo tra la generazione di ipotesi e la visualizzazione rapida visiva dei dati è il principale vantaggio di un approccio VA.
Protocol
Discussion
L'avvento della tecnologia high-throughput nella moderna ricerca biomedica portato a un'esplosione dei dati di ricerca che richiede un modo più efficiente di analisi. Visual analytics (VA) è la scienza del ragionamento analitico facilitato da interfacce visuali interattivi (1). L'approccio VA ripristina la potenza analitica nelle mani di analista umano, in contrasto con l'approccio tradizionale di individuare modelli di computer. Analisi visiva è stata applicata alla ricerca in vari campi, come la dif…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Vorremmo ringraziare i membri di Vancouver Istituto di Visual Analytics (VIVA) per offrire commenti e consigli per il progetto. In particolare, vorremmo ringraziare John Dill, Brian Fisher e David Darvill. Vorremmo anche ringraziare i membri del laboratorio Kollmann per il sostegno e utili discussioni. Questo lavoro è stato sostenuto in parte dal National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanità di Grant N01 AI50023; Borse di NCE Allergen 07-07-A1A e B2B, e il Michael Smith Fondazione per la Ricerca Sanitaria. TRK è sostenuto in parte da un Premio alla carriera nella scienza biomedica dal annuncio Burroughs Wellcome Fondo da un Istituti canadesi per Grant formazione per la ricerca in sanità canadese Health Program Scientist Bambino Clinico, in collaborazione con Sick-Kids Foundation, Child and Family Research Institute ( British Columbia), Donne e salute dei bambini Research Institute (Alberta), e Manitoba Institute of Child Health.
Referências
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- Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).
- Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).
- Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).
