Mikrobiyal planktonik toplulukların metaboliti çıkarımı için bir yöntem sunulmaktadır. Tüm topluluk örnekleme özel hazırlanmış filtreler üzerine filtrasyon sağlanır. Liyofilizasyon sonra, sulu çözünür metabolitleri ekstre edilir. Bu yaklaşım doğal ya da deneysel mikrobiyal toplulukların trans-omik araştırmalar çevre metabolomik uygulaması için izin verir.
Çevre metabolomik organizmalar cevap ve biyokimyasal 1. düzeyde çevre ve birbirleri ile nasıl etkileşime yeni bir anlayışın geliştirilmesinde bir gelişmekte olan bir alandır. Nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi gibi çalışmalar için önemli vaadi ile, gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS) dahil olmak üzere çeşitli teknolojileri biridir. NMR avantajları, hedefsiz analizler için uygundur yapısal bilgi sağlar ve spektrumları bireysel metaboliti spektrumları 2,3, son zamanlarda mevcut veri tabanları karşı niceliksel ve istatistiksel davranış içinde sorgulanabilir olmasıdır. Buna ek olarak, NMR spektral veriler birbirine taksonların fizyolojik yanıtları ve çevre 4,5,6 daha kapsamlı bir anlaşılmasını sağlamak için başka bir omik seviyeleri (örn. transkriptomik, genomik) veriler ile kombine edilebilir. Ancak, NMR zor yapma, diğer metabolomic yöntemlerine göre daha az duyarlı olduğu aphasta populasyonu düşük iyi tanımlanmış ve bu bütün dokuları, biofluids veya hücre kültürleri gibi kolayca ekstrakte kaynakları. metabolitlerin kıyasla düşük yoğunluklu ve metabolit konsantrasyonları olabilir doğal mikrobiyal sistemlerine kat Sonuç olarak, bugüne kadar yapılan mikropların birkaç doğrudan çevresel metabolomic çalışmalar, ana-symbiont sistemleri gibi kültür-tabanlı veya kolayca tanımlanan yüksek yoğunluklu ekosistemler, kararlı izotop etiketleme olabilir bağırsak çevre ko-kültür veya manipülasyonlar inşa sınırlı olmuştur Buna ek olarak NMR sinyalleri 7,8,9,10,11,12 artırmak için kullanılır. NMR için uygun konsantrasyonda çevresel metabolitlerinin konsantrasyonu ve toplanmasını kolaylaştırmak yöntemler eksiktir. Son dikkatini çok enerji ve malzeme akışının planktonik topluluk 13,14 aracılık su ortamında, içindeki organizmaların çevre metabolomik verilmiş olduğundan, biz konsantrasyon için bir yöntem geliştirdiTION ve süzülerek planktonik mikrobiyal sistemlerinden tam topluluk metabolitlerin çıkarma. Piyasada bulunan hidrofilik poli-1 ,1-difluoroethene (PVDF) filtreleri özel olarak tamamen aksi takdirde daha sonraki analizlerde kirleticiler gibi görünebilir özleri, kaldırmak için tedavi edilir. Bu tedavi filtreler daha sonra ilgi, çevresel ya da deney örnekleri filtrelemek için kullanılır. Islak numune filtreleri içeren liyofilize ve sulu-çözünür metabolitleri standart bir potasyum fosfat tampon ekstraksiyon 2 kullanılarak konvansiyonel NMR spektroskopisi için doğrudan ayıklanır. Bu yöntemlerden elde edilen veriler istatistiksel olarak anlamlı desenleri tanımlamak için analiz, ya da topluluk ve ekosistem fonksiyonlarının kapsamlı bir anlayış için diğer omik seviyeleri ile entegre edilebilir.
Burada gösterildiği filtrasyon ve metaboliti ekstraksiyon yöntemi NMR metabolomik için yeterli miktarda toplanabilir üzere mikrobik planktonik biyokütle sağlar. KPI ve 1D 1 H-NMR kullanarak sulu bir çözünür metabolitlerinin, sadece ekstraksiyon gösterilmiştir birlikte, başka bir ekstraksiyon çözücüsü ve spektroskopik yaklaşımlar kullanılabilir. Bir yararlı örneğin heterojen örnekleri üstün NMR spektrumları üretmek için gösterilen ve paramanyetik iyonları tarafından kirlenmeye…
The authors have nothing to disclose.
Bu araştırma kısmen desteklenen Hibeler-Aid Eğitim, Kültür, Spor, Bilim Bakanlığı keşif araştırma (JK), ve Bilimsel Araştırma (A) (JK ve SM) zorlu Bilimsel Araştırma ve Teknoloji, Japonya . Bir RIKEN FPR Bursu (RCE) ek destek sağlanmaktadır. Yazarlar Dr kendi şükranlarımı sunuyorum. Eisuke Chikayama, NMR ve istatistiksel analizler ile teknik yardım için Yasuyo Sekiyama ve Mami Okamoto.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
0.22 μm hydrophilic Durapore PVDF filters, 25 mm | Millipore | GVWP02500 | |
Microanalysis Filter Holder, 25 mm, fritted glass support | Millipore | XX1002500 | |
3-place manifold, 47 mm, stainless steel | Millipore | XX2504735 | |
KH2PO4 | Wako | 169-04245 | |
K2HPO4 | Wako | 164-04295 | |
Deuterium oxide, 2H > 90% | Campridge Isotope Laboratoties | DLM-4 | |
DSS | Fluka | 92754 | |
Automill | Tokken | TK-AM4 | Stainless steel crushers included |
Thermomixer comfort | Eppendorf | 5355 000.011 | |
Bioruptor | Diagenode | UCD-200 | |
Vacuum evaporator | EYELA | CVE-3100 | |
NMR | Bruker | DRX-500 with 5 mm-TXI probe | |
Spectral binning tool | Originally developed | FT2DB | https://database.riken.jp/ecomics/ |
Metabolite annotation tool and database | Originally developed | SpinAssign | http://prime.psc.riken.jp/?action=nmr_search |