Summary

DNA折纸设计生物反应灵敏的机器人

Published: July 08, 2013
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Summary

DNA折纸术是一个功能强大的制造精确的纳米级物体,通过编程的自组装的DNA分子的方法。在这里,我们介绍了如何可以利用DNA折纸设计的机器人机器人能够感知生物的线索和响应变形,随后传递到预期的效果。

Abstract

核酸是惊人的多才多艺。除了 ​​作为生物体信息1的存储介质,用于他们的自然作用,它们可以用在并行计算2,3,识别和结合的分子或细胞的目标4,5,催化化学反应6,7,并和计算的反应生成的生物系统8,9。重要的是,核酸可以被编程自组装成2D和3D结构10-12,使所有这些显着的特点,在一个单一的机器人的的生物线索传感为了发挥所期望的效果的预设响应链接的整合。

首次提出创建形状核酸西曼13,关于这一主题的几个变化,至今已实现了利用各种技术11,12,14,15。然而,最重要的也许是提出了一个由罗斯蒙德,称为脚手架DNA折纸16。在这种技术中,长(> ​​7000个碱基)的单链DNA的支架的折叠数百个短的互补链被称为“ 缝钉”所期望的形状。折叠是通过高温退火斜坡。此技术成功地创造卓越的精度和鲁棒性的2D形状多样化的证明。 DNA折纸,后来扩大到3D,以及17,18。

本文将着重道格拉斯和他的同事开发的caDNAno 2.0软件19。 caDNAno是一个强大的,用户友好的CAD工具,使2D和3D DNA折纸形状的设计用途广泛等特点。设计过程依赖于DNA结构,使得它比较简单,高效的系统和准确的抽象计划。

在本文中,我们证明了设计的DNA折纸NA最近已描述norobot。这个机器人是'机器人'在某种意义上说,它感应到驱动链,为了执行任务。我们将解释如何结构可以被集成到各种传感方案,以及如何可以被传递到所期望的效果。最后,我们使用剑度21所设计的形状的机械性能进行仿真。我们所讨论的概念可以适应多个任务和设置。

Protocol

本文中我们将设计的机器人的蛋白P的反应,提供的货物C的表面上的选定的靶细胞的受体结合。 图1中所示的机器人,C可以是一种受体阻断药;一种生长因子等,以及化学连结的DNA寡核苷酸的方法,必须使用不破坏其功能。该机器人有两种状态。当无效,DNA杂交门上的两个外部的“嘴唇”,确保机器人仍然关闭,内装载任何货物被牢固地封存。在存在对蛋白P,</e…

Representative Results

图1-25的的2.0 caDNAno接口设计过程中一步一步的截图。的横截面的形状,首先概述(图3),然后由自动加法脚手架链片段和完成整个支架的路径(图7)。订书钉链自动添加(图12),根据用户定义的参数(图14)打破,手动编辑,以适应主食所需功能的设备(图15-18)。图23-24描述了如何加载站点和栅极链添加和编辑?…

Discussion

DNA折纸术在纳米级的任意功能,使我们能够制作精确定义的对象。下一个重要步骤,将功能整合到这些设计。虽然许多应用程序和挑战,可以用这种技术制造DNA折纸术的治疗和科学的机器人,有一个特别的兴趣,因为这些代表了自然的环境的DNA。 DNA已经作为遗传信息存储介质中的细胞与分子机械接口。有趣的是,在纳米机器人或另一台机器上的折叠的DNA可以作为遗传信息的,除了作为结构材料?…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

作者要感谢S.道格拉斯非常有价值的讨论和建议,的巴切莱特实验室的有益的讨论和工作的所有成员。支持这项工作是由来自该学院的生命科学和巴伊兰大学的纳米科技及先进材料研究所的补助。

Materials

Name of Reagent/Material Company Catalog Number Comments
Autodesk Maya 2012 Autodesk A student/academic account needs to be created first (see platform-specific instructions in http://cadnano.org)
caDNAno 2.0 (software) (Open source) Software for the design of DNA origami structures http://cadnano.org
Cando (webpage) (Open source) Webpage running a simulator of DNA origami shapes http://cando-dna-origami.org

Referências

  1. Watson, J. D., Crick, F. H. Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid. Nature. 171, 964-967 (1953).
  2. Adleman, L. M. Molecular computation of solutions to combinatorial problems. Science. 266, 1021-1024 (1994).
  3. Qian, L., Winfree, E., Bruck, J. Neural network computation with DNA strand displacement cascades. Nature. 475, 368-372 (2011).
  4. Ellington, A. D., Szostak, J. W. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands. Nature. 346, 818-822 (1990).
  5. Tang, Z., Parekh, P., Turner, P., Moyer, R. W., Tan, W. Generating aptamers for recognition of virus-infected cells. Clin. Chem. 55, 813-822 (2009).
  6. Baskerville, S., Bartel, D. P. A ribozyme that ligates RNA to protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 9154-9159 (2002).
  7. Bartel, D. P., Szostak, J. W. Isolation of new ribozymes from a large pool of random sequences [see comment]. Science. 261, 1411-1418 (1993).
  8. Benenson, Y., Gil, B., Ben-Dor, U., Adar, R., Shapiro, E. An autonomous molecular computer for logical control of gene expression. Nature. 429, 423-429 (2004).
  9. Xie, Z., Wroblewska, L., Prochazka, L., Weiss, R., Benenson, Y. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science. 333, 1307-1311 (2011).
  10. Rothemund, P. W., Papadakis, N., Winfree, E. Algorithmic self-assembly of DNA Sierpinski triangles. PLoS Biol. 2, e424 (2004).
  11. Chen, J. H., Seeman, N. C. Synthesis from DNA of a molecule with the connectivity of a cube. Nature. 350, 631-633 (1991).
  12. He, Y., et al. Hierarchical self-assembly of DNA into symmetric supramolecular polyhedra. Nature. 452, 198-201 (2008).
  13. Seeman, N. C. Nucleic acid junctions and lattices. J. Theor. Biol. 99, 237-247 (1982).
  14. Wei, B., Dai, M., Yin, P. Complex shapes self-assembled from single-stranded DNA tiles. Nature. 485, 623-626 (2012).
  15. Yin, P., et al. Programming DNA tube circumferences. Science. 321, 824-826 (2008).
  16. Rothemund, P. W. Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns. Nature. 440, 297-302 (2006).
  17. Dietz, H., Douglas, S. M., Shih, W. M. Folding DNA into twisted and curved nanoscale shapes. Science. 325, 725-730 (2009).
  18. Douglas, S. M., et al. Self-assembly of DNA into nanoscale three-dimensional shapes. Nature. 459, 414-418 (2009).
  19. Douglas, S. M., et al. Rapid prototyping of 3D DNA-origami shapes with caDNAno. Nucleic Acids Res. 37, 5001-5006 (2009).
  20. Douglas, S. M., Bachelet, I., Church, G. M. A logic-gated nanorobot for targeted transport of molecular payloads. Science. 335, 831-834 (2012).
  21. Castro, C. E., et al. A primer to scaffolded DNA origami. Nature Methods. 8, 221-229 (1038).
  22. Ke, Y., et al. Multilayer DNA origami packed on a square lattice. Journal of the American Chemical Society. 131, 15903-15908 (2009).
  23. Mallikaratchy, P. Using aptamers evolved from cell-SELEX to engineer a molecular delivery platform. Chem. Commun. (Camb). , 3056-3058 (2009).
  24. Hamad-Schifferli, K., Schwartz, J. J., Santos, A. T., Zhang, S., Jacobson, J. M. Remote electronic control of DNA hybridization through inductive coupling to an attached metal nanocrystal antenna. Nature. 415, 152-155 (2002).

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Citar este artigo
Ben-Ishay, E., Abu-Horowitz, A., Bachelet, I. Designing a Bio-responsive Robot from DNA Origami. J. Vis. Exp. (77), e50268, doi:10.3791/50268 (2013).

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