Organogênese é o estudo de como os órgãos são especificados e, em seguida, adquirem sua forma e funções específicas durante o desenvolvimento. O embrião de Xenopuslaevis é muito útil para estudar a organogênese porque seu grande tamanho os torna muito adequados para identificar órgãos nas primeiras etapas da organogênese. Neste momento, o principal método usado para identificar um órgão ou primórdio específico é a hibridização in situ de montagem inteira com sondas de RNA antisense marcadas específicas para um gene que é expresso no órgão de interesse. Além disso, é relativamente fácil manipular genes ou vias de sinalização em Xenopus e a hibridização in situ permite testar mudanças na presença ou morfologia de um órgão-alvo. A hibridização in situ de montagem inteira é um protocolo de vários dias com muitas etapas envolvidas. Aqui, fornecemos um protocolo simplificado com número reduzido de etapas e reagentes usados que funciona bem para ensaios de rotina. Os robôs de hibridização in situ facilitaram muito o processo e detalhamos como e quando utilizamos essa tecnologia no processo. Uma vez concluída uma hibridização in situ, capturar a melhor imagem do resultado pode ser frustrante. Fornecemos conselhos sobre como otimizar a imagem dos resultados da hibridização in situ. Embora o protocolo descreva a avaliação da organogênese em Xenopus laevis, o mesmo protocolo básico pode quase certamente ser adaptado para Xenopus tropicalis e outros sistemas modelo.