מוצגים הוא עבודה אינפורמטיקה גמישה המאפשרת ניתוח מבוסס תמונת ריבוב של תאים שכותרתו fluorescently. העבודה מכמתת סמנים גרעיניים וcytoplasmic ומחשבה טרנסלוקציה סמן בין תאים אלה. נהלים מסופקים ההפרעות של תאים באמצעות siRNA ומתודולוגיה אמינה לגילוי סמן על ידי immunofluorescence העקיף בפורמטי 96-היטב.
התקדמות בהבנת מנגנוני הבקרה המסדירים את התנהגותם של תאים בתרבית רקמת דגמי יונקים חסיד הופכות תלויה יותר ויותר במצבים של ניתוח מתא בודד. שיטות אשר מספקות נתונים מרוכבים המשקפים את הערכים הממוצעים של סמנים ביולוגיים מאוכלוסיות תאים עלולות לאבד דינמיקה תת-אוכלוסייה המשקפת את ההטרוגניות של המערכת הביולוגית למדה. בקנה אחד עם זו, גישות מסורתיות מוחלפות על ידי, או נתמכת עם, צורות מתוחכמות יותר של assay הסלולרי שפותחו כדי לאפשר הערכה על ידי מיקרוסקופ גבוה תוכן. מבחני אלה פוטנציאל לייצר מספר רב של תמונות של סמנים ביולוגיים ניאון, אשר מופעלים על ידי המלווה את חבילות תוכנת קניינית, מאפשר למדידות רבות פרמטרית לכל תא. עם זאת, עלויות הון גבוהות יחסית והתמחות יתר של רבים מהתקנים אלה מנעו את נגישותם לחוקרים רבים.
שתואר כאן הואזרימת עבודה אוניברסלית לכימות של עוצמות סמן פלואורסצנטי מרובות מאזורי subcellular הספציפיים של תאים בודדים מתאימים לשימוש עם תמונות מרוב מיקרוסקופי ניאון. מפתח לזרימת עבודה זו הוא יישום תוכנת Profiler הסלולרי זמינה באופן חופשי 1 להבחין בין תאים בודדים בתמונות האלה, קטע אותם לאזורי subcellular המוגדרים ולספק עוצמת הקרינה סמן הערכים ספציפי לאזורים אלה. חילוץ ערך עוצמת תא בודד מנתוני תמונה הוא המטרה של זרימת עבודה זו המרכזית ויהיה מאויר עם הניתוח של נתונים שליטה ממסך siRNA לרגולטורי מחסום G1 בתאים אנושיים חסיד. עם זאת, העבודה שהוצגה כאן יכולה להיות מיושמת על ניתוח של נתונים מאמצעים אחרים של הפרעת תא (לדוגמא, מסכי מתחם) וצורות אחרות של סמנים סלולריים הקרינה מבוססת וכך צריכים להיות שימושיים למגוון רחב של מעבדות.
העבודה מוצגת כאן מתארת את השימוש בתוכנת Profiler הסלולרי הזמינים באופן חופשי לבצע פילוח מודרך אלגוריתם של תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי של תאים חסיד לזהות תאים בודדים ואזורי subcellular מוגדרים. גישה זו, המכונה פילוח תמונה, מאפשרת הניתוח רב-פרמטרית הבא של תאי הדמיה על ידי כימותי סמנים שכותרתו fluorescently מקומיים לכל תא או אזור subcellular (המכונה אובייקטים מפולחים כ). עבודה זו מהווה בסיס למאפשר ניתוח גבוה תוכן, והוא נועד לשמש ככלי שיכול להיות מפותח יותר ושונה כדי שיתאים לרב-פרמטרית, תא בודד מנתח במעבדות ללא גישה למכשירים גבוהים תוכן מיוחדים או תוכנת קניינית. הקבצים מצורפים לכתב יד זה כוללים מערך בדיקה של הנתונים רלוונטיים תמונת גלם, הגדרות אלגוריתם ותסריטים התומכים על מנת ליצור את הניתוח שתואר. F הגדרות אלגוריתם מסופקתאו Profiler הסלולרי מותאם לנתונים הדוגמא להגדיר ופרטי סעיף הדיון מה התאמות עשויות להיות נחוצות כדי לאפשר שימוש בנתוני תמונה ממחקרים אחרים.
ברגע שנתונים כמותיים כבר הופקו באמצעות Profiler הסלולרי, ייתכן שיש לי מעבדות שונות יש דרישות שונות לאופן שימוש במידע שהוצג על ידי ערכי תא הבודדים בנתונים הגולמיים; המוצג כאן הוא גישה אחת על ידי שעיר מוחלים על הנתונים הגולמיים עבור כל assay. שימוש בשערים אלה, נתונים הופכים למונחים בינארי של תגובה, המאפשרים הדמיה של מגמות המקשרות טיפולים שונים עם תת-האוכלוסיות של תאים עוברים תגובה שהוגדרה על ידי השערים. השערים נקבעים בהתבסס על תצפיות של הפצות הנתונים המתקבלות לבקרות שליליות וחיוביות מתאימות לכל מדידה רלוונטית. השימוש בשערים הוא רק דוגמא אחת של איך לנהל את מדידות גלם, המבוסס על התאים. כמו כן מוצג כאן הוא השימוש בעוצמת DNA הגרעיניasurements בצורתם הגולמית כטווח רציף של ערכים בשילוב עם נתונים מגודרות. גישות אחרות לניהול נתונים ניתוח תמונה צריכה להיחשב, בהתאם לאופי של המחקר; חלופות סטטיסטיות לשימוש בשערים לשיוך תאים לאוכלוסיות דווחו 2 ושיטתי השוואות של אסטרטגיות כדי לסכם נתונים גבוה תוכן במספר גדול של פרמטרים דווח 3.
ניתוחים גבוהים תוכן של נתוני תמונה מצאו שימוש במחקרים סלולריים של סמים-תגובה, הפוך גנטיקה ולחץ סביבתי איתות 4-6. הכשרון של ניתוח גבוה תוכן נובע מהעובדה שהניתוח האלגוריתמי של נתוני מיקרוסקופ פלואורסצנטי מאפשר פרמטרים כמותיים ומרחב כדי להיחשב בו-זמנית על פני תאים בודדים 7. בדרך זו, תוצאות סלולריות למבחנים מרובים יכולות להיות התנהגות מוצלבים, ההפרש של assay-דניתן לעקוב תת-אוכלוסיות תאי efined בתוך תנאים ומבחנים ניסיוניים יכולים לכלול בחינה של משתנים מורפולוגיים. העבודה האסטרטגיות וניתוח שנדונה כאן, כמו לגישות גבוהה תוכן אחרים, הם מסוגלים לספק נתונים מרובבים המצליבים לתאים בודדים. מחקרי חליפת שיטות גבוהים תוכן שיוצרים תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי וחלים על ניתוח של נתונים הנעים בין עשרות תמונות שהופקו במיקרוסקופיה הקרינה מבוססת קונבנציונלית תפוקה נמוכה ועד לאלף תמונות שהופק באמצעות פלטפורמות גבוהות הקרנת תוכן אוטומטית.
העבודה באה לידי ביטוי כאן עם נתוני דוגמא שממבחנים נפרדים הנמדדים במונחים של שני עוצמות גרעיניות ניאון סמן או טרנסלוקציה הגרעינית / cytoplasmic של חלבון כתב ניאון, בהתאמה. העבודה היא גמישה שבמבחנים אלה יכולים להיחשב בנפרד או בשילוב בהתאם EACh נתון שאלת מחקר על ידי חוקרים שונים. נתוני הדוגמא מיוצרים כחלק מניסוי התערבות RNA (RNAi) (איור 1). oligonucleotides הקטן מפריע RNA (siRNA) משמש למציאת חלבונים ספציפיים בתאי סרטן מעי גס האנושי HCT116 שגורמים לשינויים לשני כתבי ניאון של פעילות cyclin-dependent kinase (CDK). זירחון CDK6 תלוי של החלבון הגרעיני רטינובלסטומה בסרין 780 (RB1 P-S780) מוערך על ידי צביעת נוגדן. באותם תאים, כתב חלבון מתויג ניאון ירוק של פעילות CDK2 (כתב GFP-CDK2) מוערך על ידי הגרעין שלה ליחס cytoplasmic בי בהעדר פעילות CDK2 הכתב מתגורר בגרעין ועל הסעות הפעלת CDK2 לתוך הציטופלסמה 8. בנוסף, ה- DNA הגרעיני של כל תא מוכתם באמצעות צבע intercalating-DNA, Bisbenzimide, המשמש כאמצעי לזיהוי תאים ולהגדיר גבולות גרעינים בתמונות, כמו גםמדד sa של שפע DNA מתן מידע על עמדת מחזור התא של התא (איור 2).
הפעילויות של CDK6 וCDK2 הן לגילוי תאי מעבר מG1 לשלב S של מחזור התא 5 ולהצליח בכל 9,10 אחר, וככזה, קרובה התאמה בין שני הכתבים בתאים בודדים צפויה. בסיס נתוני ההפגנה משמשים כאן כדוגמא מנתח את ההשפעה של siRNA מטרות CDK6, חלבון רטינובלסטומה (RB1) ושליטה ללא מיקוד שלילית (טבלת 1). מציאה של CDK6 צריכה לעורר שתי ירידה של epitope RB1 P-S780 והצטברות של תאים בשלב G1 של מחזור התא. מציאה RB1 משמשת כביקורת מגיב להספציפיות של נוגדן phospho-S780. תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי מפורמלין קבועות 11, תאים בתרבית רקמת HCT116 מוכתמים fluorescently משמשים לניתוח תמונה אלגוריתמי. נתונים המספריים שנוצר לאחר מכן נעשה שימוש להפניה מקושרת הכתבים ולאמוד את ההשפעה של המדינות השונות מציאה.
גודל הפוטנציאל של נתונים המיוצרים על ידי סוג זה של ניתוח יכול להוות אתגר לכלי ניתוח רגילים. לדוגמא, את נתוני תא הבודדים יכולים להיות גדולים יותר מאשר כמה תוכנות גיליון אלקטרוני תהיה להתאים. הוצאות כוללים סקריפטים Perl אשר מבצעים עיבוד פשוט, מאוד-חוזר על עצמו, בפיקוח של הנתונים כדי לסייע ניתוח של מערכי נתונים גדולים. סקריפטים Perl נכתבים במיוחד עבור קבצי פלט המיוצרים על ידי התאים Profiler, בעת עיבוד קבצי תמונה עם אמנת קובץ שמות ספציפית (איור 3), ולאפשר למספרים משתנה של שדות לכל גם לשימוש בניתוח. היא לעתים קרובות חשובה לנתונים assay תא בודד שער כדי לעקוב אחר מגמות בתת אוכלוסיות של תאי 5 ומוצגים כאן הוא השימוש בתסריט פרל לדגל כל תא המבוסס על שער שנקבע מראש סט לכל סוג assay. כמו כן, נכללים סקריפטים Perl אופציונלייםשיסכם את תוצאת נתונים לבארות בודדות (או תנאים), ומספק: אחוז התאים בתוך שער הסט והערכים הממוצעים של ציוני assay גלם. הדרך השנייה, הומוגנית יותר של הצגת הנתונים, תקפה שבו תגובות רוב התאים בתוך היטב או כל להשפיע. כאמור לעיל, הערכה כזו היא פחות שימושית מזה מוענק על ידי gating נתוני תא הבודד שבי התגובה מוגבלת לקבוצת משנה של תאים בתוך אוכלוסייה.
השירות של זרימת העבודה המתוארת אינו מוגבל להפרעות על ידי siRNA או מבחני הסמן תיארו. מחקרים השתמשו בגישה זו לassay תגובות בניסויים בתרבית רקמה באמצעות שילובים של siRNA, מעכבים כימיים וטיפול בקרינה, ולהערכה של סמנים אחרים מאשר CDK6 ופעילות CDK2 5.
מבחינה מושגית, האסטרטגיה הניסיונית מאפשרת מגוון רחב של אזורי subcellular ביולוגיים שימושיים להיות רשום באופן אוטומטיבתאים בודדים הנמצאים בתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי. ככזה, גישה זו יכולה להניב מידע כמותי, נתונים ריבוב חושף ביולוגי שעלולים להחמיץ באמצעות טכניקות המתמקדות באוכלוסיות ולא תאים בודדים. עם שינויים קלים, העבודה הגישה וניתוח שתוארה יכולה להניב נתונים כמותיים תא, פרט לכל יציאות הקרינה מבוססת assay ותגובות תא-ביולוגי, שבו הערכה כמותית של תוכן DNA, כימות של הקרינה גרעינית או cytoplasmic או הטלטלות של סמנים בין אלה שני תאים בנפרד או באופן ריבוב הוא עניין. דרישות הוצאה לאור נוטות יותר ויותר לכיוון הגשת נתונים בגלוי הנגיש גלם, גישה ולהיכרות עם כלים חינמיים לניתוח תמונה מיקרוסקופית כגון אלה שתוארו כאן גם יהיו עניין ישיר למעבדות מחפשים לנתח מחדש נתונים שפורסמו.
העבודה המתוארת מהווה הליך perturbance multiwell של תאים באמצעות siRNA, איתור סמן לאחר מכן ולבסוף להשתמש בשורה של צעדים-נתמך תוכנה כדי להקל על חילוץ של נתונים כמותיים מתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי וכתוצאה מכך. הגישה מתמקדת באספקת ערך עוצמת גרעינית וcytoplasmic לתאים בודדים, שבה יש יישום מעשי נרחב ביישומים מבוססי תאים רבים. נתוני הדוגמא משמשים כאן נוצרו בהגדרת מסך siRNA שבו שני מבחני ניאון למעבר מחזור תא שלב G1 נבדקים וקורלציה חזרה למדד biophysical ישיר יותר של תוכן DNA הגרעיני.
השימוש בכתם DNA ניאון כדי DNA הגרעיני תמונה הוא צעד הכרחי בתהליך פילוח תמונה כפי שהיא מאפשרת זיהוי של תאים בודדים ו'מסכת הגרעינים "וכתוצאה מכך משמשת כנקודת ההתחלה לזהות cytoplasmi המקבילאזורי ג. כתב CDK2 מתויג GFP, אשר באו לידי ביטוי ביציבות בתאים, מעניק משתנה עדיין גבוה באופן עקבי מאשר אות רקע בציטופלסמה שבאמצעותו ניתן התווה תא זה. אותו צינור הניתוח צריך להיות ישים לניתוח של אירועי טרנסלוקציה החלבון באמצעות כתבים אחרים מתאימים צמוד הקרינה ותגובתם לperturbance. כמו כן, החלפת כתב GFP-CDK2 עם צבעי ניאון ציטופלסמה הספציפית תאפשר השימוש האלטרנטיבי של אלגוריתם זה כדי למדוד את הממדים של ציטופלסמה וגדלים היחסי של תאים בתמונות.
שיקול נוסף בעיצוב אסטרטגית פילוח התמונה המתוארת כאן הוא השימוש בProfiler הסלולרי כדי לספק ערכי עוצמה משולבים לכימות DNA. שילוב של עוצמת ערכים עבור DNA הגרעיני נתונים צביעה מאפשרים לשינויים אפשריים בגודל גרעין, ומייצג התאמה קרובה לפרופילי הכימות ראולpropidium יודיד מוכתם FACS נתונים. עם זאת, עוצמת משולבת לא יכולה לספק אמצעים מתאימים כדי להעריך את תפקוד חלבון שבו ריכוז ממוצע, שהודגם על ידי עוצמת הקרינה ממוצעת של אנטיגן, הוא יותר מבחינה ביולוגית רלוונטי מהסכום הכולל המשולב של חלבון (וקרינה קשורה) בתוך תא תא. לכן אומר ערכי עוצמה שמשו לP-S780 RB1 ונתונים GFP. האפשרות לשנות בין שני המצבים (כלומר או משולב) של הערכת נתונים נמצא בלוח 'ExportToSpreadsheet' של תוכנת Profiler הסלולרי.
הגדרות הניתוח בקובץ 3_channels_pipeline.cppipe מותאמות לתמונות בערכת נתוני דוגמא. ניתוח של ערכות תמונות חדשות עם פרוטוקול זה יחייב את שמות הקבצים לאמץ את המוסכמה למתן שמות שתוארה לעיל (איור 3). כמו כן, רגישות ערכים כדי להתאים את הבהירות של הכתמה גרעינית DNA ומפתנים לרקעעוצמות בסטי התמונה החדשות ייתכן שתצטרכנה להיות מותאמות בתוך הגדרות Profiler הסלולרי. בהתחשב בתפקיד המרכזי צביעת DNA מחזיק לבניית מסכות פילוח תמונה השונות, היישום של הגדרות רגישות נכונות לערוץ זה הוא מפתח לניתוח המוצלח של נתוני תמונה חדשים עם תוכנת Profiler הסלולרי. הגדרות Profiler הסלולרי סיפק קובץ (3_channels_pipeline.cppipe) מכיל הערות על הפרמטרים הכי שימושי לעתים קרובות להתאמת הניתוח לנתונים חדשים. הערות אלו הן בתיבת הטקסט בחלק העליון של המסך בחלון הראשי של תא Profiler ותכלולנה הדרכה על שינוי הגדרות הרגישות והתאמת מספר הערוצים להיות מנותח. כנגדו כתב אישום בסעיף 2.8 לפרוטוקול, כדי לבדוק את הגדרות לנתוני תמונה חדשות זה עשוי להיות נחוץ כדי לבחון את פילוח התמונה במהלך ניתוח תמונה על ידי לחיצה פתוחה הסמלים 'עין' לכל אחת מ'זיהוי אובייקטים … "צעדי פרוטוקול (איור S1D </strong>). בפרט, להדמיה של נתוני תמונה באמצעות 'IdentifyPrimaryOjects "תציג אם מסכת הגרעינים מזוהה בצורה נכונה מתמונות של צביעת DNA. על Profiler Cell דף התוכנה למודול 'IdentifyPrimaryOjects' הוא גורם תיקון סף. התאמת ניסוי והטעייה של ערך זה תהיה לתקן את רוב השגיאות בזיהוי גרעיניות. הערכים לאזן את ערוץ DNA נגד עוצמת הרקע לכל תמונה. ערכי גורם תיקון סף הציר סביב 1, שבו גדול יותר מזה הוא יותר מחמיר (טוב לתמונות ברורות) ופחות מ -1 מקל (מתאימה לתמונות עם פחות ניגוד בין מכתים ורקע).
תפוקת הגלם של נתוני תא בודדים מProfiler Cell ניתן לנתח במובנים שונים כדי להתאים לצרכימים של מחקרים אחרים. מוצג כאן הוא השימוש בתסריט פרל ליישם שערים לשניים מהפרמטרים שנמדדו לכל תא במטרה לסייע לחילוץ מגמות ביולוגיות מהנתוניםהיתר ד הצלבה של תת-האוכלוסיות המזוהות עם מדידות נוספות. למרות שזה אפשרי במידה שווה לכלול אלמנטים של gating במסגרת Profiler הסלולרי, התוואי החלופי המשמש כאן מספק גמישות ומהירות גדולות יותר, במיוחד אם ערכות נתונים גדולות צריכים להיות מוערכות. השלב האיטי ביותר בשלבי רכישת פוסט דימוי של הפרוטוקול הנוכחי הוא הריצה של תוכנת Profiler הסלולרי. מאבחן תא כאן מנוהל ללא הטלת שערים לייצר סט נתונים גולמי מגודרת un אשר ניתן reanalyzed עם תסריט פרל שלאחר מכן במהירות רבה יותר ובמידת צורך, איטרטיבי עם ערכי שער שונים. לא כל המחקרים תדעו מראש את ערכי השער המתאימים כמו זה עשויים להשתנות עם חומרים כימיים על כל קבוצת נתונה של נתונים, ובאופן פוטנציאלי לאורך זמן. זהו, אם כן, מומלץ ליצור היסטוגרמות המתארת את התפלגות הנתונים הגולמית המתקבלת מהתא Profiler עבור פקדים חיוביים ותאי דגם מוטרדים על מנת לזהות valu שער המתאיםes לפרמטרים של עניין.
סקריפטים Perl נכתבים לקבל מבנה טור מוגדר בנוקשות של נתונים מProfiler הסלולרי ועלולים להפסיק לעבוד אם משתמש משנה את מספר פלט פרמטרים על ידי Profiler הסלולרי באמצעות ההגדרות 'ExportToSpreadsheet'. כדי לעזור ליישם שינוי של הגדרות הערות כלולות בתוך קבצי תסריט פרל. כדי לראות אלה להציג את התסריט בעורך טקסט, רצוי עורך הטקסט של מתכנת מוגדר אלמנטי פרל קוד צבע (למשל, http://www.activestate.com/komodo-edit). הערות אלו מציינות היכן להתאים את התסריט להסתגל לשינויים בנתונים בפורמט. בדומה לתסריטי Perl, קובץ R-הקוד שסופק (analysis.r), המכיל את ההוראות לקשירת קשר הדמויות מנתונים ניתוח התמונה, ניתן לקרוא בעורך טקסט או תוכנת RStudio לראות הערות נוספות על שימוש והסתגלות. ניתן להוסיף הערות אלו עם פרטים על ביטויים רגילים ופרל <sup> 12 והחבילה ggplot2 13 לR, אשר שניהם מהווים את הבסיס לאופן שבו נתונים הוא לקריאה, מבואר וזממו, בהתאמה.
מחקרים חדשים באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי, כמו גם הנתונים גולמיים שהופקדו עם פרסומי קוד פתוחים נוחות לשיטות ניתוח כגון אלה שתוארו כאן. טבעו של נתונים גבוה תוכן משאיל את עצמו לניתוח רקורסיבית עם דגשים אנליטית שונים בהתאם לתחומי המחקר של כל צופה נתון. למרות השאלות שיכולים להישאל של נתונים מוגבלים על ידי הבדיקות המשמשות במקור, נתוני תמונה יכולים להיות לעתים קרובות reanalyzed משמעותי מעבר להיקף של המחקרים שחוללו אותם.
The authors have nothing to disclose.
עבודה זו נתמכה על ידי מענקי CRUK 15,043 וCRUK 14251.
אנו מודים דניאל Wetterskog וקה Kei הו לקבלת סיוע טכני וקריאה ביקורתית של כתב היד.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
AllStars negative control siRNA | Qiagen | 1027280 | Negative control siRNA. |
CDK6 siRNA | Dharmacon/ Custom synthesis | NA | Antisense sequence: 5' CUCUAGGCCAGUCUUCUUCUU |
RB1 siRNA | Dharmacon/ Custom synthesis | NA | Antisense sequence: 5' GGUUCAACUACGCGUGUAATT |
5x siRNA buffer | Thermo Scientific | B-002000-UB-100 | To be diluted with nuclease-free, non-DEPC treated water. |
Nulcease-free water (non-DEPC) | Applied Biosystems | AM9937 | For dilution of siRNA buffer. |
Hiperfect | Qiagen | 301705 | Transfection lipid. |
DMEM | Life Technologies | 41966052 | Pyruvate and high-glucose supplemented tissue culture media. |
96 well tissue culture plate | Falcon | 3072 | Plain, 96-well tissue culture plate for the parallel, compartmentalized mixing of transfection complexes. |
Packard Viewplate | Perkin Elmer LAS | 6005182 | 96 well TC plate with optical base on which cells are transfected, grown, fixed and eventually imaged. Supplied with opaque, adhesive plate seals, which are used during storage of used plates. |
Breathable membrane | Alpha Labs | LW2783 | Sterile, gas-permeable, adhesive membrane. |
Neutral buffered formalin, 10% | Sigma-Aldrich | HT5012-1CS | 10% Formalin (4% formaldehyde) fixative used neat in protocol. |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100PC | Non-ionic detergent |
Tris | Sigma-Aldrich | T1503 | Trizma base (tris(hydroxymethyl)aminomethane) |
Tween 20 | Sigma-Aldrich | P2287 | For plate wash solution. |
Anti-P-S780 RB1 antibody | Abcam | ab32513 | Rabbit monoclonal |
AlexaFluor647 Anti-rabbit | Invitrogen | A21245 | Highly cross-adsorbed, fluorescently labelled secondary antibody. |
Hoechst 33342 (Bisbenzimide) | Sigma-Aldrich | B2261 | Fluorescent, chromatin-intercalating, DNA dye. |
Permeabilization solution | NA | NA | 0.1% Triton X-100 in 50 mM Tris-buffered saline, pH 8.0. |
Plate wash solution | NA | NA | Tris-buffered saline containing 0.1 % Tween-20. |
Block solution | NA | NA | 5% powdered milk in Tris-buffered saline and 0.1% Tween-20. For blocking plate prior to immuno-staining and dilution of antibodies. |
Cell Profiler 2.1 | Broad Institute | http://www.cellprofiler.org/download.shtml | |
Active Perl Community Edition | ActiveState | http://www.activestate.com/activeperl/downloads | |
R programming environment | The R Foundation | http://www.r-project.org | |
Rstudio | Rstudio | http://www.rstudio.com/ |