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As propriedades imunomoduladoras das células-tronco mesenquimais humanas (MSCs) de várias linhagens parecem ser altamente relevantes para uso clínico em uma ampla gama de doenças relacionadas ao sistema imunológico. Os mecanismos envolvidos estão sendo cada vez mais elucidados e, neste artigo, descrevemos o experimento básico para avaliar a imunomodulação das CTMs por meio do ensaio para supressão da proliferação de leucócitos efetores. Representando a ativação, a proliferação de leucócitos pode ser avaliada por uma série de técnicas, e descrevemos neste protocolo o uso do corante celular fluorescente carboxifluoresceína éster succinimidílico (CFSE) para marcar leucócitos com análises citométricas de fluxo subsequentes. Esta técnica pode não apenas avaliar a proliferação sem radioatividade, mas também o número de divisões celulares que ocorreram, além de permitir a identificação da população específica de células em proliferação e a expressão intracelular de citocinas/fatores. Além disso, o ensaio pode ser adaptado para avaliar populações específicas de leucócitos efetores por seleção de marcadores de superfície de esferas magnéticas de populações únicas de células mononucleares do sangue periférico antes da co-cultura com MSCs. A flexibilidade deste ensaio de co-cultura é útil para investigar interações celulares entre MSCs e leucócitos.