Wnt As vias de sinalização desempenham papéis críticos durante o desenvolvimento do trato respiratório. A definição de mecanismos precisos de diferenciação e morfogênese controlados pela sinalização Wnt é necessária para entender como os tecidos são padronizados durante o desenvolvimento normal. Esse conhecimento também é fundamental para determinar a etiologia de defeitos congênitos, como hipoplasia pulmonar e traqueobroncomalácia. A análise dos estágios iniciais de desenvolvimento do trato respiratório impõe desafios, pois a quantidade limitada de tecido impede a realização de protocolos padrão mais adequados para estudos pós-natais. Neste artigo, discutimos metodologias para estudar a diferenciação e proliferação celular no trato respiratório. Descrevemos técnicas como coloração de montagem inteira, processamento do tecido para microscopia confocal e imunofluorescência em cortes de parafina aplicados ao desenvolvimento do pulmão traqueal. Também discutimos metodologias para o estudo da diferenciação do mesênquima traqueal, em particular a formação da cartilagem. As abordagens e técnicas discutidas no presente artigo contornam a limitação do material ao trabalhar com tecido embrionário, permitindo uma melhor compreensão do processo de padronização do desenvolvimento de vias aéreas condutoras.