Massa phyloproteomics à base de espectrometria (MSPP) foi usado para digitar uma coleção de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isola a nível da estirpe em comparação com digitação sequência multilocus (MLST).
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Neste artigo
Resumo
Resumo
MALDI-TOF MS oferece a possibilidade de diferenciar algumas bactérias não só ao nível de espécies e subespécies, mas ainda abaixo, a nível da estirpe. isoformas alélicas dos íons de biomarcadores detectáveis resultar em deslocamentos de massa específica do isolados. phyloproteomics à base de espectrometria de massa (MSPP) é um nova técnica que combina as massas espectrometria de massa de biomarcadores detectáveis em um esquema que permite a dedução de relações phyloproteomic de deslocamentos de massa específicos do isolado em comparação com uma estirpe de referência do genoma sequenciado. As sequências de aminoácidos deduzidas são então usados para calcular dendrogramas baseados em MSPP.
Aqui nós descrevemos o fluxo de trabalho de MSPP digitando um ssp Campylobacter jejuni. Doylei coleção isolado de sete cepas. Todas as sete cepas eram de origem humana e multilocus digitação sequência (MLST) demonstraram a sua diversidade genética. MSPP-digitação resultou em sete tipos de seqüência MSPP diferentes, refletindo suficientemente sua phyrelações logenetic.
A C. jejuni ssp. doylei esquema MSPP inclui 14 diferentes íons de biomarcadores, proteínas principalmente ribossômicas na faixa de massa de 2 a 11 kDa. MSPP pode, em princípio, ser adaptado para outras plataformas de espectrometria de massa com uma faixa de massa estendida. Portanto, esta técnica tem o potencial para se tornar uma ferramenta útil para nível de tensão tipagem microbiana.
Introdução
Durante a última década, laser assistida por matriz dessorção ionização espectrometria de tempo-de-voo de massa (MALDI-TOF MS) tem avançado para ser um método padrão altamente valorizado por género microbiana e identificação de espécies em microbiologia clínica 1, 2. A identificação da espécie é baseada no registo de impressões digitais pequenas proteínas de células intactas ou de lisados celulares. A faixa de massa típica para um espectrómetro de massa usado em microbiologia clínica de rotina é 2-20 kDa. Além disso, o espectro resultante pode ser utilizado para discriminar estirpes com as espécies e abaixo-abaixo-subespécies de nív....
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Protocolo
1. Prepare um local de trabalho seguro, considerando condições de biossegurança
- Familiarize-se com os regulamentos de laboratório e de segurança que são de relevância para trabalhar com microorganismos. A maioria dos microorganismos patogênicos humanos devem ser tratados a nível de biossegurança 2 condições, mas alguns, como a Salmonella enterica sorotipo Typhi, exigem biossegurança nível 3. Informações sobre nível de tratamento de cada agente patogénico pode ser acessado no www.cdc.gov/biosafety.
- Independentemente da classificação de risco biológico do microorganismo específico, considerar todos os materiais que entraram em contato com ....
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Resultados
Anteriormente, nós estabelecemos com sucesso um esquema MSPP para C. ssp jejuni. jejuni 13. Aqui, o objetivo foi estender o método para o irmão subespécie C. ssp jejuni. doylei. Neste cenário específico, sete C. jejuni ssp. doylei isolados foram adquiridos a partir da coleção belga de microorganismos / Laboratório de Microbiologia UGent BCCM / LMG Ghent, Bélgica. Todos os sete isolados utilizados para noss.......
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Discussão
O passo mais crítico no estabelecimento de um regime de MSPP é a determinação genética inequívoca de identidades biomarcador íon. Se não for possível identificar um biomarcador, sem dúvida, então ele deve ser excluído do regime 13.
A C. ssp. doylei esquema jejuni inclui 14 diferentes íons de biomarcadores. Estes são menos 5 em comparação com o C. jejuni ssp. esquema jejuni MSPP 13 .A diferença mais significativa entre o detec.......
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Divulgações
Os autores não têm nada a divulgar.
Agradecimentos
Somos gratos a Hannah Kleinschmidt pelo excelente suporte técnico. Este artigo foi financiado pelo programa de apoio ao Acesso Aberto da Deutsche Forschungsgemeinschaft e pelo fundo de publicação da Georg August Universität Göttingen.
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Materiais
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| acetonitrila | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | 34967 | |
| Sistema Autoflex III TOF/TOF 200 | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | espectrômetro de massa | G201 |
| BTS | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | 604537 | |
| BioTools 3.2 SR1 | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | 263564 | Pacote de software |
| Bruker IVD Bakterial Test Standard | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | 8290190 | 5 tubos |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Coleção coordenada de microrganismos da Bélgica/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG8843 | ATCC 49349; IMVS 1141; NCTC 11951; cepa 093 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Bélgica coleção coordenada de microrganismos/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG9143 | Goossens Z90 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Coleção coordenada de microrganismos da Bélgica/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG7790 | ATCC 49350; CCUG 18265; Kasper 71; LMG 8219; NCTC 11847 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Bélgica coleção coordenada de microrganismos/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG9243 | Goossens N130 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Bélgica coleção coordenada de microrganismos/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG8871 | NCTC A603/87 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Bélgica coleção coordenada de microrganismos/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG9255 | Goossens B538 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolado | Bélgica coleção coordenada de microrganismos/Laboratório de Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Bélgica | LMG8870 | NCTC A613/87 |
| Base de ágar Columbia | Merck, Darmstadt, Alemanha | 1.10455 .0500 | 500 g |
| Bússola para FlexSeries 1.2 SR1 | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | Pacote de | Software |
| sangue de ovelha desfibrinado | Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Alemanha | SR0051 | |
| etanol | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | 02854 Ácido | |
| Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | F0507 | ||
| Matriz HCCA | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | 604531 | |
| Kimwipes papel tissue | Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | ||
| MALDI Biotyper 2.0 | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | Pacote de | software |
| 259935 Frascos de mastro Cryobank Mast | Diagnostica, Reinfeld, Alemanha | Alvo de aço polido CRYO/B | |
| MSP 96 | Bruker Daltonics, Bremen, Alemanha | 224989 | |
| QIAamp DNA Mini Kit | Qiagen, Hilden, Alemanha | 51304 | |
| insulina humana recombinante | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | I2643 | |
| ácido trifluoroacético | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | T6508 | |
| água, grau de biologia molecular | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Alemanha | W4502 |
Referências
- Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
- Bader, O.
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Reimpressões e permissões
