Estudar a coevolução de processos hidrológicos e biogeoquímicos no subsolo de paisagens naturais pode melhorar a compreensão dos processos acoplados do sistema terrestre. Tal conhecimento é imperativo para melhorar as previsões dos ciclos hidrobiogeoquímicos, especialmente em cenários de mudanças climáticas. Apresentamos um método experimental, projetado para capturar a heterogeneidade subsuperficial de um sistema de solo inicialmente homogêneo. Este método é baseado na amostragem destrutiva de um lisímetro de solo projetado para simular uma encosta de pequena escala. Um lisímetro de pesagem de capacidade de um metro cúbico foi dividido em seções (voxels) e foi escavado camada por camada, com subamostras sendo coletadas de cada voxel. O procedimento de escavação teve como objetivo detectar a heterogeneidade incipiente do sistema, com foco na avaliação espacial das propriedades hidrológicas, geoquímicas e microbiológicas do solo. Resultados representativos de algumas variáveis físico-químicas testadas mostram o desenvolvimento de heterogeneidade. Trabalhos adicionais para testar interações entre assinaturas hidrológicas, geoquímicas e microbiológicas estão planejados para interpretar os padrões observados. Nosso estudo também demonstra a possibilidade de realizar escavações semelhantes para observar e quantificar diferentes aspectos do desenvolvimento do solo sob diferentes condições ambientais e escala.