Trypanosoma brucei, um parasita protozoário que causa tripanossomíase africana humana e animal (conhecida como doença do sono e nagana, respectivamente) alterna entre um vetor tsé-tsé e um hospedeiro mamífero. Ele escapa do sistema imunológico do hospedeiro mamífero trocando periodicamente a glicoproteína de superfície densa e variante (VSG) que cobre sua superfície. A detecção de variação antigênica em Trypanosoma brucei pode ser complicada e trabalhosa. Aqui, apresentamos um método para quantificar o número de parasitas que 'mudaram' para expressar um novo VSG em uma determinada população. Os parasitas são primeiro corados com um anticorpo contra o VSG inicial e, em seguida, corados com um anticorpo secundário ligado a um cordão magnético. Os parasitas que expressam o VSG inicial são então separados do resto da população, passando os parasitas por uma coluna presa a um ímã. Os parasitas que expressam o VSG inicial dominante são retidos na coluna, enquanto o fluxo contém parasitas que expressam um novo VSG, bem como alguns contaminantes que expressam o VSG inicial. Essa população de fluxo contínuo é corada novamente com um anticorpo marcado com fluorescência contra o VSG inicial para rotular contaminantes e iodeto de propídio (PI), que rotula células mortas. Um número conhecido de contas de contagem absoluta que são visíveis por citometria de fluxo é adicionado à população de fluxo. A proporção de grânulos para o número de células coletadas pode então ser usada para extrapolar o número de células em toda a amostra. A citometria de fluxo é usada para quantificar a população de switchers contando o número de células PI negativas que não se coram positivamente para o VSG inicial dominante. A proporção de comutadores na população pode então ser calculada usando os dados de citometria de fluxo.