Purificação de DNA de alto peso molecular genômico de oídio de longo Read Sequencing

Joanna M. Feehan; Katherine E. Scheibel; Salim Bourras; William Underwood; Beat Keller; Shauna C. Somerville

doi:10.3791/55463

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Artigo de método

Purificação de DNA de alto peso molecular genômico de oídio de longo Read Sequencing

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DOI:

10.3791/55463

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31 de março de 2017

Joanna M. Feehan^*¹^,² , Katherine E. Scheibel^*¹ , Salim Bourras³ , William Underwood⁴ , Beat Keller³ , Shauna C. Somerville¹

¹Department of Plant and Microbial Biology, University of California Berkeley, ²John Innes Centre, Norwich Research Park, ³Department of Plant and Microbial Biology, University of Zürich, ⁴USDA-ARS Sunflower and Plant Biology Research Unit

^* These authors contributed equally

Neste artigo

Resumo

Descrito aqui é um método para a extração, purificação e controle de qualidade do DNA genômico do patógeno fúngico biotrófico obrigatório, oídio, para uso em sequenciamento de genoma de leitura longa.

Resumo

Os fungos de oídio são um grupo de economicamente importantes agentes patogénicos fúngicos de plantas. Relativamente pouco se sabe sobre a biologia molecular e genética de estes agentes patogénicos, em parte devido à falta de recursos genéticos e genómicos bem desenvolvidos. Estes organismos possuem grandes genomas, repetitivas, que fizeram a sequenciação e montagem do genoma proibitivamente difícil. Aqui, nós descrevemos métodos para a avaliação de recolha, a extracção, purificação e controle de qualidade de ADN genómico de elevado peso molecular a partir de espécies de míldio em pó, um Golovinomyces cichoracearum. O protocolo descrito inclui ruptura mecânica de esporos seguido por uma extracção de ADN genómico optimizado fenol / clorofórmio. Um rendimento típico foi de 7 g de ADN por 150 mg de conídios. O ADN genómico que é isolado utilizando este procedimento é adequado para a sequenciação de leitura longa (isto é,> 48,5 kpb). medidas de controlo de qualidade para assegurar o tamanho, rendimento e a pureza do ADN genómico são igualmentedescrito neste método. A sequenciação do ADN genómico da qualidade descrito aqui vai permitir a montagem e a comparação dos múltiplos genomas de oídio, que por sua vez irá conduzir a uma melhor compreensão e uma melhor controle deste patogénio agrícola.

Introdução

Oídios são um grupo de obrigatório planta fúngico biotrófica agentes patogénicos que, quando tomados em conjunto, são a maior causa de doenças de plantas em todo o mundo ^1. Existem mais de 900 espécies descritas de oídio, que foram taxonomicamente agrupadas em cinco tribos dentro da família Erisyphaceae ^2. Devido tanto à sua importância econômica e a íntima relação que desenvolvem com seus anfitriões, doenças de oídio foram objecto de investigação por> 100 anos. Após a infecção, oídio provocar mudanças drásticas na estrutura celular, metabolismo e biologia molecular de seus hospedeiros, para beneficiar de....