Aqui, apresentamos um protocolo para determinar a especificidade da protease no tecido cru rato extratos usando espectrometria de MALDI-TOF.
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Artigo de método
Aqui, apresentamos um protocolo para determinar a especificidade da protease no tecido cru rato extratos usando espectrometria de MALDI-TOF.
Proteases têm várias funções biológicas, incluindo a digestão de alimentos e ativação/inativação de proteínas. Identificar a especificidade da protease é importante por revelar a função de protease. O método proposto neste estudo determina a especificidade de protease medindo-se o peso molecular de substratos exclusivos usando Matrix-assisted Laser dessorção/ionização de espectrometria de massa de tempo-de-voo (MALDI-TOF). Os substratos contêm iminobiotin, enquanto o site clivado consiste de aminoácidos, e o espaçador é composto por polietileno glicol. O substrato clivado irá gerar um único peso molecular, usando um ácido aminado clivado. Um dos méritos desse método é que pode ser efectuada em uma panela, usando amostras brutas, e é também adequado para avaliar várias amostras. Neste artigo, descrevemos um método experimental simples otimizado com amostras extraídas do tecido do pulmão do rato, incluindo a extracção de tecido, colocação de substratos digestivos em amostras, purificação de substratos digestivos sob condições de pH diferente e medição de peso molecular dos substratos, utilizando espectrometria de massa MALDI-TOF. Em resumo, esta técnica permite a identificação da especificidade da protease em amostras brutas derivado de extratos de tecido usando espectrometria de massa MALDI-TOF, que facilmente pode ser ampliada para múltiplo processamento de amostra.
Proteases regulam processos fisiológicos por clivagem de proteínas, e o início da atividade de protease em horários específicos e locais é regulamentado1. Portanto, é importante identificar a expressão e a atividade dos tecidos que são regulamentados localmente e desenvolver um novo método para detectar proteases. O método proposto neste estudo visa identificar a especificidade da protease em paralelo para detecção de proteases.
Existem alguns métodos para a detecção de especificidade de protease. O método azocasein é conhecido por sua utilização na detecção de proteases2 mas é limitado em sua....
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Protocolos experimentais animais foram aprovados pelo Comitê de ética da Universidade Nihon farmacêutico e realizados em conformidade com as orientações para o cuidado e o uso de animais de laboratório da Universidade Nihon farmacêutico. O protocolo foi ajustado para extratos de tecido derivados de camundongos ICR. Camundongos ICR foram comprados de Nippon SLC Ltd. (Shizuoka, Japão)
1. preparação do substrato Iminobiotin-etiquetado
O substrato sofre a fase sólida síntese usando grupo 9-fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc)-protegido aminoácidos, conforme descrito abaixo de11. Use a tabel....
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Avaliação do método para a identificação da especificidade de protease por protease modelo
A eficiência deste sistema foi avaliada usando TPCK-tripsina e protease V8, cujas especificidades do substrato foram obtidas. TPCK-tripsina e protease V8 foram estimados para clivar a sequência de aminoácidos no C-terminal dos resíduos lisina e arginina e no lado de carboxila do ácido aspártico e ácido glutâmico resíduos, respectivamente.
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Este protocolo utiliza a espectrometria de massa MALDI-TOF para identificar a especificidade de protease em amostras brutas derivado de extratos de tecido e facilmente pode ser ampliado para múltiplo processamento de amostra. Em particular, estamos manipulados pH para causar uma mudança na especificidade de substrato.
O método (ABC) complexo avidina-biotina, que tem sido amplamente utilizado em bioquímica devido à sua especificidade de ligação, foi utilizado em nosso protocolo. Devido a forte .......
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Os autores declaram não haverá conflito de interesses.
Este trabalho foi financiado em parte pelo Nihon farmacêutica Universidade bolsa de pesquisa da Universidade de Nihon farmacêutico (2016) e o MEXT KAKENHI Grant número JP17854179.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Resina Fmoc-NH-SAL (- [2,4-Dimetoxifenil-N- (9-fluorenilmetoxicarbonil) aminometil]fenoxi resina) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00102 | |
| N, N-dimetilformamida (DMF) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00185 | |
| piperidina | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00176 | |
| ácido trinitrobenzenossulfônico (TNBS) | WAKO Chemical | 209-1483 | |
| O- (6-Cloro-1H-benzotriazol-1-il) -N, N, N ', N'-tetrametilurônio hexafluorofosfato (HCTU) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00067 | |
| 1-Hidroxi-1H-benzotriazol, monohidrato (HOBt) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00014 | |
| diisopropiletilamina (DIPEA) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00030 | |
| triisopropilsilano (TIS) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00170 | |
| ethanedithiol (EDT) | Watanabe Chemical Co., Ltd. | A00057 | |
| ácido trifluoroacético (TFA) | Millipore | S6612278 403 | |
| acetonitrila | Kokusan Chemical | 2153025 | |
| coluna de cartucho C18 | Águas | WAT051910 | |
| éter octilfenílico de poli (oxietileno) | WAKO Chemical | 168-11805 | Triton X-100 |
| homogeneizador de mistura | Kinematica | PT3100 | Homogeneizador Polytron |
| Coomassie Brilliant Blue (CBB) -G250 | Nakarai Chemical | 094-09 | |
| glicerol | Nakarai Chemical | 170-18 | |
| N-tosil-L-fenilalanina clorometilcetona (TPCK)-tripsina | Sigma-Aldrich | T1426 | |
| dimetilsulfóxido (DMSO) | WAKO Chemical | 043-07216 | |
| estreptavidina sepharose | GE Healthcare | 17-511-01 | |
| ZipTipC18 | Millipore | ZTC18S096 | |
| &alfa;-ciano-4-hidroxicinâmico ácido (CHCA) | Sigma-Aldrich | C2020 | |
| MALDI-TOF espectrometria de massa | Bruker Daltonics, Alemanha | autoflex | |
| 2-iminobiotina | Sigma-Aldrich | I4632 | |
| Fmoc-aminoácidos | Watanabe Chemical Co., Ltd. |
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