Summary

Stimare i tassi di denitrificazione sedimento utilizzando core e N2O microsensori

Published: December 06, 2018
doi:

Summary

Questo metodo calcola tassi di denitrificazione di sedimento in carote di sedimento utilizzando le misurazioni acetilene tecnica e microsensor di inibizione del accumulato N2O. Il protocollo descrive le procedure per la raccolta i nuclei, calibrare i sensori, eseguendo l’inibizione di acetilene, l’accumulo di N2O di misura e calcolo del tasso di denitrificazione.

Abstract

Denitrificazione è il processo principale di biogeochimico rimozione dell’azoto dalla biosfera. La valutazione quantitativa di questo processo è diventato particolarmente rilevante per valutare il ciclo dell’azoto globale antropogenico alterato e l’emissione di gas serra (cioè, N2O). Diversi metodi sono disponibili per la misurazione di denitrificazione, ma nessuno di loro sono completamente soddisfacenti. Problemi con i metodi esistenti comprendono la loro sensibilità insufficiente, e la necessità di modificare i livelli di substrato o alterare la configurazione fisica del processo utilizzando disturbato campioni. Questo lavoro descrive un metodo per stimare i tassi di denitrificazione di sedimento che combina carotaggio, inibizione di acetilene e microsensor misurazioni del accumulato N2O. I principali vantaggi di questo metodo sono una bassa dispersione della struttura dei sedimenti e la raccolta di una registrazione continua di accumulo di N2O; Questi consentono stime dei tassi di denitrificazione affidabile con valori minimi fino a 0,4-1 µmol N2O m-2 h-1. La capacità di manipolare fattori chiave è un ulteriore vantaggio per ottenere approfondimenti sperimentali. Il protocollo descrive le procedure per la raccolta i nuclei, calibrare i sensori, eseguendo l’inibizione di acetilene, l’accumulo di N2O di misura e calcolo del tasso di denitrificazione. Il metodo è appropriato per la stima di tassi di denitrificazione in qualsiasi sistema acquatico con carote di sedimento possono essere recuperate. Se la concentrazione di2O N è sopra il limite di rilevamento del sensore, il passo di inibizione di acetilene può essere omesso per stimare l’emissione di2O N invece di denitrificazione. Vi mostriamo come stimare entrambi i tassi di denitrificazione effettivi e potenziali, aumentando la disponibilità di nitrato, come pure la dipendenza di temperatura del processo. Illustriamo la procedura utilizzando sedimenti del Lago di montagna ed discutere i vantaggi e le debolezze della tecnica rispetto ad altri metodi. Questo metodo può essere modificato per scopi particolari; per esempio, può essere combinato con 15N traccianti per valutare la nitrificazione e denitrificazione o campo in situ misurazioni dei tassi di denitrificazione.

Introduction

Antropogeniche alterazione del ciclo dell’azoto è uno dei problemi più impegnativi per il sistema di terra1. Attività umana è almeno raddoppiato i livelli di azoto reattivi disponibile per la biosfera2. Tuttavia, permangono grandi incertezze per quanto riguarda come viene valutato il ciclo globale del N. Alcune stime di flusso sono state quantificate con meno di errore del ± 20%, e molti hanno incertezze di ± 50% e più grande3. Queste incertezze indicano la necessità di accurate stime dei tassi di denitrificazione attraverso gli ecosistemi e la comprensione dei meccanismi di fondo di variazione. Denitrificazione è un’attività microbica, attraverso il quale gli ossidi azotati, principalmente nitrati e nitriti, sono ridotti a gas di dinitrogen, N2O e N24. La via è molto rilevante per la disponibilità della Biosfera di azoto reattivo perché è il principale processo di rimozione5. N2O è un gas serra con un potenziale di riscaldamento quasi 300 volte quello di CO2 oltre 100 anni ed è la corrente principale causa di riduzione dell’ozono stratosferico a causa delle grandi quantità essendo emessa6,7.

Di seguito, presentiamo un protocollo per la stima di tassi di denitrificazione di sedimento utilizzando core e N2O microsensori sperimentalmente (Figura 1). Tassi di denitrificazione sono stimati utilizzando l’acetilene inibizione metodo8,9 e misurazioni dell’accumulo di N2O durante un periodo definito (Figura 2 e Figura 3). Dimostriamo il metodo applicandolo ai sedimenti del Lago di montagna. Questo studio finalizzato evidenzia le prestazioni del metodo per la rilevazione tassi relativamente bassi con il minimo disturbo alla struttura fisica dei sedimenti.

Denitrificazione è particolarmente difficile da misurare10. Ci sono diversi metodi, ciascuno con vantaggi e svantaggi e approcci alternativi. Gli svantaggi di metodi disponibili comprendono l’uso di risorse costose, sensibilità insufficiente e la necessità di modificare i livelli di substrato o alterare la configurazione fisica del processo utilizzando campioni disturbati10. Una sfida ancora più fondamentale per N2 di misura è i suoi livelli elevati sfondo nell’ ambiente10. La riduzione di N2O N.2 è inibita da acetilene (C2H2)8,9. Così, denitrificazione può essere quantificato misurando l’accumulato N2O in presenza di C2H2, che è fattibile a causa di bassi livelli ambientali di2O N.

L’uso di C2H2 per misurare i tassi di denitrificazione in sedimenti è stato sviluppato circa 40 anni fa11e l’incorporazione di sensori2O N si è verificato circa 10 anni più tardi12. L’approccio più ampiamente applicata per acetilene è il “nucleo statico”. L’accumulato N2O è misurato durante un periodo di incubazione fino a 24 h dopo l’aggiunta di spazio di testa del sedimento sigillato core10C2H2 . Il metodo qui descritto segue questa procedura con alcune innovazioni. Aggiungiamo il C2H2 di gorgogliare il gas nella fase acquosa del nucleo per alcuni minuti, e abbiamo riempire tutto lo spazio di testa con acqua campione prima di misurare l’accumulo di N2O con un microsensor. Abbiamo anche un sistema di agitazione che impedisce la stratificazione dell’acqua senza risospendere il sedimento. La procedura quantifica il tasso di denitrificazione per area di superficie del sedimento (ad es., µmol N2O m-2 h-1).

L’elevata variazione spaziale e temporale di denitrificazione presenta un’altra difficoltà nella sua quantificazione accurata10. Di solito, accumulo di N2O è misurata in sequenza mediante gascromatografia di campioni dello spazio di testa che vengono raccolti durante l’incubazione. Il metodo descritto fornisce migliore monitoraggio della variazione temporale dell’accumulo2O N, perché il microsensor fornisce un segnale continuo. Il multimetro microsensor è un amplificatore digitale microsensor (picoammeter) che si interfaccia con i sensori e il computer (Figura 1a). Il multimetro permette diversi N2O microsensori essere utilizzato allo stesso tempo. Per esempio, fino a quattro sedimento nuclei dallo stesso sito di studio possono essere misurate simultaneamente per tenere conto della variabilità spaziale.

L’approccio di base a malapena disturba la struttura di sedimento rispetto ad alcuni altri metodi (ad esempio, fanghi). Se l’integrità dei sedimenti è alterata, questo porta a denitrificazione irrealistico tariffe13 che sono solo sufficienti per i confronti relativi. Tassi più elevati sono sempre ottenuti con metodi di liquami rispetto al nucleo metodi14, perché quest’ultimo conserva la limitazione di denitrificazione di substrato diffusione15. Misure di liquami non possono essere considerati rappresentativo di in situ tariffe16; Essi forniscono misure relative per i confronti eseguiti con la stessa procedura.

Il metodo descritto è appropriato per la stima di tassi di denitrificazione in qualsiasi tipo di sedimento che può essere animato. Consigliamo in particolare il metodo per eseguire manipolazioni sperimentali di alcuni dei fattori guida. Esempi sono esperimenti che modificare la disponibilità di nitrato e temperatura come necessario per stimare l’attivazione di energia (Eun) di denitrificazione17 (Figura 2).

Figure 1
Figura 1 : Messa a punto sperimentale. (un) generale messa a punto sperimentale per stimare i tassi di denitrificazione sedimento utilizzando N2O microsensori e anime. La camera di incubazione assicura condizioni di (± 0,3 ° C) di oscurità e temperatura controllata. Cinque carote di sedimento intatta possono essere elaborati contemporaneamente utilizzando i loro rispettivi sensori2O N. (b) N2O camera di calibrazione sensore. Abbiamo adattato con tappi di gomma e siringhe per mescolare il N2O acqua (Vedi protocollo punto 3.4.3). C’è un termometro per controllare la temperatura dell’acqua. (c) Close-up di un campione di nucleo di sedimento con il sensore inserito nel foro centrale del coperchio in PVC e i giunti sigillati con nastro adesivo. L’agitatore è appeso nell’acqua, e l’elettromagnete è vicino ad esso e fissata alla parte esterna del tubo acrilico. punta (d), close-up della N2O microsensor protetto da un pezzo di metallo. (e) un nucleo di sedimento che è appena stato recuperato. È stata campionata da una barca in un lago profondo; il tubo acrilico con il nucleo è ancora fissato al Messaggero-adattato gravità corer19. Vedi la Tabella materiali per tutti gli elementi necessari per eseguire questo metodo. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Protocol

1. preparazione Nota: Questo iniziano il giorno prima le misurazioni. Assemblare la configurazione di misura (Figura 1un, vedere la Tabella materiali).Nota: Per garantire un’alimentazione costante e di alta qualità, il dispositivo di misurazione è collegato alla presa tramite un uninterruptible power supply (UPS) che può anche agire come un backup. Nel caso di un’interruzione dell’alimentazione di lunga d…

Representative Results

Un totale di 468 tassi di denitrificazione sono state stimate utilizzando il protocollo sopra nei sedimenti da laghi di montagna dei Pirenei per il periodo 2013-2014. Vi mostriamo alcuni di questi risultati per illustrare la procedura (Figura 2 e Figura 3). In generale, il modello lineare tra la concentrazione di N2O e ora ha buona correlazione (R2 ≥ 0,9). Il pendio del rapporto fornisce una stima del tass…

Discussion

I principali vantaggi del metodo descritto sono l’uso di campioni di carote di sedimento minimamente disturbato e la registrazione continua dell’accumulo2O N. Queste permettono la stima dei tassi di denitrificazione relativamente basso che rischiano di simili a quelle che si verificano in situ. Tuttavia, alcuni aspetti riguardanti il carotaggio, le prestazioni del sensore e potenziali miglioramenti sono discussi.

Un passaggio apparentemente semplice ma fondamentale del meto…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Il governo spagnolo ha fornito fondi attraverso il Ministerio de Educación come una borsa di studio di dottorato al calderone-L. (FPU12-00644) e assegni di ricerca del Ministerio de Economia y Competitividad: NitroPir (CGL2010-19737), Lacus (CGL2013-45348-P), Transfer ( CGL2016-80124-C2-1-P). Il progetto REPLIM (INRE – programma INTERREG. EUUN – Unione europea. EFA056/15) supportata la scrittura finale del protocollo.

Materials

Messenger-adapted gravity corer Reference in the manuscript. Made by Glew, J.
Sampling tube Acrylic. Dimensions: 100 cm (h) × 6.35 cm (d) × 6.50 cm (D). Sharpen the edge of the sampling tube that penetrates into the sediment to minimize the disturbance in the recovered sediment core sample.
Handheld sounder Plastimo 38074 Echotest II Depth Sounder.
Rubber stopper VWR DENE1012114 With two holes, used to mix the N2O-water in the calibration chamber. Dimensions: 20 mm (h) × 14 mm (d) × 18 mm (D) (3 mm hole (D)).
Rubber stopper VWR 217-0125 To seal the bottom part of the methacrylate tube and to sample in shallow water bodies. Dimensions: 45 mm (h) × 56 mm (d) × 65 mm (D).
PVC cover To seal the top side part of the acrylic tube. Dimensions: 45 mm (h) × 56 mm (d) × 65 mm (D). Dimensions: 65 mm (D).
Adhesive tape Waterproof. To ensure all joints (PVC cover sampling tube and PVC cover sensor) and to avoid water leaks.
Thermometer Portable and waterproof, to measure the temperature in the water overlying the sediment just after sampling the cores.
GPS To save the location of a new sampling site or to arrive at a previous site.
Wader For littoral or shallow site samplings.
Boat An inflatable boat is the best option for its lightness if the sampling site is not accessible by car.
Rope Rope with marks showing its length (e.g., marked with a color code to distinguish each meter).
N2O gas bottle and pressure reducer Abelló Linde 32768-100 Gas bottle reference.
C2H2 gas bottle and pressure reducer Abelló Linde 32468-100 Gas bottle reference.
Tube used to evacuate the excess of water Consists of a solid part (e.g., a 5 ml pipette tip without its narrowest end) inserted in a silicone tube.
Nitrous Oxide Minisensor w/ Cap Unisense N2O-R We use 4 sensors at a time.
Microsensor multimeter 4 Ch. 4 pA channels Unisense Multimeter Picoammeter logged to a laptop. The standard device allows for 2 sensor picoammeter connections (e.g., N2O sensor), one pH/mV and a thermometer. We ordered a device with four picoammeter connections, allowing the use of 4 N2O sensors simultaneously.
SensorTrace Basic 3.0 Windows software Unisense Sensor data acquisition software.
Calibration Chamber incl. pump Unisense CAL300 Calibration chamber. We tuned it with rubber stoppers and syringes to mix the N2O-water without making bubbles.
Incubation chamber Ibercex E-600-BV Indispensable equipment for working at a constant temperature (±0.3 °C). It also allows control of the photoperiod.
Electric stirrer Part of the stirring system. It hangs in the water, overlying the sediment subject, by a fishing line that is hooked to the PVC cover.
Electromagnet Part of the stirring system. It is fixed to the outside of the acrylic tube, approximately at the same level as the stirrer. It is activated episodically (ca. 1 on-off per s) by a circuit, attracting the stirrer when it is on and releasing it when it is off, thereby generating the movement that agitates the water.
Electromagnetic pulse circuit Part of the stirring system. It is connected by wires to the electromagnet and sends pulses of current that turn the electromagnet on and off.
Uninterruptible power supply (UPS) It improves the quality of the electrical energy that reaches the measurement device, filtering the highs and low of the voltage, thereby ensuring a more constant and stable N2O sensor signal.

Referências

  1. Rockstrom, J., et al. A safe operating space for humanity. Nature. 461 (7263), 472-475 (2009).
  2. Erisman, J. W., Galloway, J., Seitzinger, S., Bleeker, A., Butterbach-Bahl, K. Reactive nitrogen in the environment and its effect on climate change. Current Opinion in Environmental Sustainability. 3 (5), 281-290 (2011).
  3. Gruber, N., Galloway, J. N. An Earth-system perspective of the global nitrogen cycle. Nature. 451 (7176), 293-296 (2008).
  4. Tiedje, J. M., Zehnder, A. J. B. Ch. 4. Ecology of denitrification and dissimilatory nitrate reduction to ammonium. Environmental Microbiology of Anaerobes. Vol. 717. , 179-244 (1988).
  5. Seitzinger, S., et al. Denitrification across landscapes and waterscapes: A synthesis. Ecological Applications. 16 (6), 2064-2090 (2006).
  6. Contribution of Working Group I to the fifth assessment report of the intergovernmental panel on climate change. . IPCC. Climate Change 2013: The Physical Science Basis. , (2013).
  7. Ravishankara, A. R., Daniel, J. S., Portmann, R. W. Nitrous Oxide (N2O): The Dominant Ozone-Depleting Substance Emitted in the 21st Century. Science. 326 (5949), 123-125 (2009).
  8. Balderston, W. L., Sherr, B., Payne, W. Blockage by acetylene of nitrous oxide reduction in Pseudomonas perfectomarinus. Applied and Environmental Microbiology. 31 (4), 504-508 (1976).
  9. Yoshinari, T., Knowles, R. Acetylene inhibition of nitrous-oxide reduction by denitrifying bacteria. Biochemical and Biophysical Research Communications. 69 (3), 705-710 (1976).
  10. Groffman, P. M., et al. Methods for measuring denitrification: Diverse approaches to a difficult problem. Ecological Applications. 16 (6), 2091-2122 (2006).
  11. Sorensen, J. Denitrification rates in a marine sediment as measured by the acetylene inhibition technique. Applied and Environmental Microbiology. 36 (1), 139-143 (1978).
  12. Revsbech, N. P., Nielsen, L. P., Christensen, P. B., Sorensen, J. Combined oxygen and nitrous-oxide microsensor for denitrification studies. Applied and Environmental Microbiology. 54 (9), 2245-2249 (1988).
  13. Jorgensen, K. S. Annual pattern of denitrification and nitrate ammonification in estuarine sediment. Applied and Environmental Microbiology. 55 (7), 1841-1847 (1989).
  14. Laverman, A. M., Van Cappellen, P., van Rotterdam-Los, D., Pallud, C., Abell, J. Potential rates and pathways of microbial nitrate reduction in coastal sediments. FEMS Microbiology Ecology. 58 (2), 179-192 (2006).
  15. Ambus, P. Control of denitrification enzyme-activity in a streamside soil. FEMS Microbiology Ecology. 102 (3-4), 225-234 (1993).
  16. Christensen, P. B., Rysgaard, S., Sloth, N. P., Dalsgaard, T., Schwærter, S. Sediment mineralization, nutrient fluxes, denitrification and dissimilatory nitrate reduction to ammonium in an estuarine fjord with sea cage trout farms. Aquatic Microbial Ecology. 21 (1), 73-84 (2000).
  17. Palacin-Lizarbe, C., Camarero, L., Catalan, J. Denitrification Temperature Dependence in Remote, Cold, and N-Poor Lake Sediments. Water Resources Research. 54 (2), 1161-1173 (2018).
  18. . . Nitrous Oxide sensor user manual. , (2011).
  19. Glew, J. Miniature gravity corer for recovering short sediment cores. Journal of Paleolimnology. 5 (3), 285-287 (1991).
  20. Andersen, K., Kjaer, T., Revsbech, N. P. An oxygen insensitive microsensor for nitrous oxide. Sensors and Actuators B-Chemical. 81 (1), 42-48 (2001).
  21. Weiss, R. F., Price, B. A. Nitrous oxide solubility in water and seawater. Marine Chemistry. 8 (4), 347-359 (1980).
  22. . . Nitrous Oxide Microsensors Specifications. , (2018).
  23. Koike, I., Revsbech, N. P., Sørensen, J. Ch. 18. Measurement of sediment denitrification using 15-N tracer method. Denitrification in Soil and Sediment 10.1007/978-1-4757-9969-9 F.E.M.S. Symposium Series. , 291-300 (1990).
  24. Hvorslev, M. J. . Subsurface Exploration and Sampling of Soils for Civil Engineering Purposes. , 521 (1949).
  25. Glew, J. R., Smol, J. P., Last, W. M., Last, W. M., Smol, J. P. Ch. 5. Sediment Core Collection and Extrusion. Tracking Environmental Change Using Lake Sediments: Basin Analysis, Coring, and Chronological Techniques. 1, 73-105 (2001).
  26. Behrendt, A., de Beer, D., Stief, P. Vertical activity distribution of dissimilatory nitrate reduction in coastal marine sediments. Biogeosciences. 10 (11), 7509-7523 (2013).
  27. Laverman, A. M., Meile, C., Van Cappellen, P., Wieringa, E. B. A. Vertical distribution of denitrification in an estuarine sediment: Integrating sediment flowthrough reactor experiments and microprofiling via reactive transport modeling. Applied and Environmental Microbiology. 73 (1), 40-47 (2007).
  28. Melton, E. D., Stief, P., Behrens, S., Kappler, A., Schmidt, C. High spatial resolution of distribution and interconnections between Fe- and N-redox processes in profundal lake sediments. Environmental Microbiology. 16 (10), 3287-3303 (2014).
  29. . . SensorTrace BASIC 3.0 user manual. , (2010).
  30. Schwing, P. T., et al. Sediment Core Extrusion Method at Millimeter Resolution Using a Calibrated, Threaded-rod. Journal of visualized experiments. (114), 54363 (2016).
  31. Bernhardt, E. S. Ecology. Cleaner lakes are dirtier lakes. Science. 342 (6155), 205-206 (2013).
  32. Finlay, J. C., Small, G. E., Sterner, R. W. Human influences on nitrogen removal in lakes. Science. 342 (6155), 247-250 (2013).
  33. Seitzinger, S. P. Denitrification in fresh-water and coastal marine ecosystems- ecological and geochemical significance. Limnology and Oceanography. 33 (4), 702-724 (1988).
  34. Seitzinger, S. P., Nielsen, L. P., Caffrey, J., Christensen, P. B. Denitrification measurements in aquatic sediments – a comparison of 3 methods. Biogeochemistry. 23 (3), 147-167 (1993).
  35. Christensen, P. B., Nielsen, L. P., Revsbech, N. P., Sorensen, J. Microzonation of denitrification activity in stream sediments as studied with a combined oxygen and nitrous-oxide microsensor. Applied and Environmental Microbiology. 55 (5), 1234-1241 (1989).
  36. Peter, N. L. Denitrification in sediment determined from nitrogen isotope pairing. FEMS Microbiology Ecology. 9 (4), 357-361 (1992).
  37. Risgaard-Petersen, N., Nielsen, L. P., Rysgaard, S., Dalsgaard, T., Meyer, R. L. Application of the isotope pairing technique in sediments where anammox and denitrification coexist. Limnology and Oceanography-Methods. 1, 63-73 (2003).
check_url/pt/58553?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Palacin-Lizarbe, C., Camarero, L., Catalan, J. Estimating Sediment Denitrification Rates Using Cores and N2O Microsensors. J. Vis. Exp. (142), e58553, doi:10.3791/58553 (2018).

View Video