स्टूल डीएनए इंटीग्रिटी डिटेक्शन द्वारा कोलोरेक्टल कैंसर जोखिम और व्यापकता का मूल्यांकन
Summary
प्रस्तुत नैदानिक FL-डीएनए किट कोलोरेक्टल कैंसर घावों की उपस्थिति की विश्वसनीय संभावना निर्धारित करने के लिए एक समय की बचत और उपयोगकर्ता के अनुकूल विधि है।
Abstract
आजकल, मल डीएनए अलग और कई तरीकों से विश्लेषण किया जा सकता है । मल में डीएनए के लंबे टुकड़ों का पता क्यूपीसीआर परख द्वारा लगाया जा सकता है, जो पूर्व-नियोप्लास्टिक या नियोप्लास्टिक कोलोरेक्टल घावों की उपस्थिति की विश्वसनीय संभावना प्रदान करता है। फ्लोरेसेंस लांग डीएनए (FL-DNA) नामक यह विधि एक तेज, गैर-आक्रामक प्रक्रिया है जो प्राथमिक रोकथाम प्रणाली पर सुधार है। यह विधि जीनोमिक डीएनए के विशिष्ट लक्ष्यों के मात्रात्मक प्रवर्धन द्वारा मल डीएनए अखंडता के मूल्यांकन पर आधारित है। विशेष रूप से, 200 बीपी से अधिक समय तक डीएनए टुकड़ों का मूल्यांकन बहुत उच्च विशिष्टता वाले कोलोरेक्टल घावों वाले रोगियों का पता लगाने की अनुमति देता है। हालांकि, यह प्रणाली और वर्तमान में उपलब्ध सभी मल डीएनए परीक्षण कुछ सामान्य मुद्दों को प्रस्तुत करते हैं जिन्हें संबोधित करने की आवश्यकता होती है (उदाहरण के लिए, जिस आवृत्ति पर परीक्षण किए जाने चाहिए और प्रत्येक व्यक्ति के लिए प्रत्येक समय बिंदु पर एकत्र किए गए मल नमूनों की इष्टतम संख्या)। हालांकि, FL-डीएनए का मुख्य लाभ वर्तमान में सीआरसी स्क्रीनिंग कार्यक्रम में उपयोग किए जाने वाले परीक्षण के सहयोग से इसका उपयोग करने की संभावना है, जिसे इम्यूनोकेमिकल-आधारित मल मनोगत रक्त परीक्षण (आईएफओबीटी) के रूप में जाना जाता है। दरअसल, दोनों परीक्षण एक ही नमूने पर किए जा सकते हैं, लागत को कम करने और कोलोरेक्टल घावों की अंतिम उपस्थिति की बेहतर भविष्यवाणी प्राप्त कर सकते हैं।
Introduction
कोलोरेक्टल कैंसर (सीआरसी) एक बहु-चरण प्रक्रिया से प्राप्त होता है जिसमें स्वस्थ एपिथेलियम धीरे-धीरे एडेनोमा या जंतु में विकसित होता है, जो समय1,,2के साथ घातक कार्सिनोमा में प्रगति करता है। सीआरसी की उच्च घटना दर के बावजूद, पिछले3दशक में मौतों के प्रतिशत में गिरावट देखी गई है । दरअसल, स्क्रीनिंग कार्यक्रमों में अपनाए गए प्रारंभिक नैदानिक उपकरणों के कारण पूर्व-नियोप्लास्टिक एडेनोमा या जंतु4का जल्दी पता लगाया गया है। हालांकि, विभिन्न तकनीकी सीमाओं के कारण, इनमें से कोई भी तरीका इष्टतम नहीं है। दरअसल, संवेदनशीलता और विशिष्टता में सुधार करने के लिए, कई मल डीएनए परीक्षण अकेले या वर्तमान नियमित नैदानिक परीक्षणों5,,6के संयोजन में प्रस्तावित किया गया है ।
आमतौर पर, स्वस्थ म्यूकोसा मल धारा एपोप्टोटिक कोलोनोसाइट्स में बहाता है, जबकि रोगग्रस्त म्यूकोसा एक्सफोलिएट्स गैर-अपोप्टिक कोलोनोसाइट्स। 200 बीपी या लंबाई में अधिक के टुकड़े गैर-अपोप्टोटिक डीएनए की विशेषता है। इस डीएनए को लॉन्ग डीएनए (एल-डीएनए) कहा जाता है और यह सीआरसी अर्ली डायग्नोसिस के लिए एक उपयोग योग्य बायोमार्कर बन गया है । एल-डीएनए को मल के नमूने से अलग किया जा सकता है और क्यूपीसीआर द्वारा इन विट्रो डायग्नोस्टिक एफएल-डीएनए किट,7,8,9,10,11,12का उपयोग करके निर्धारित किया जा सकता है ।
इस परीक्षण में 138 बीपी से लेकर 339 बीपी तक एफएल-डीएनए के टुकड़ों का पता लगाने के लिए दो परख ें होती हैं। प्रत्येक परख FL-डीएनए (FAM) के प्रवर्धन के साथ ही स्पाइक-इन डीएनए (HEX) की अनुमति देता है । सभी टुकड़ों के इष्टतम प्रवर्धन को सुनिश्चित करने के लिए, परीक्षण को दो परखों (नाम “ए” और “बी” में विभाजित किया गया है)। एक परख एपीसी जीन (NM_001127511) के एक्सोन 14 के दो क्षेत्रों और TP53 जीन (NM_001276760) के एक्सोन 7 का एक टुकड़ा का पता लगाता है । बी परख एपीसी जीन (NM_001127511) के एक्सोन 14 के एक टुकड़े और टीपी53 जीन (NM_001276760) के एक्सोन 5 और 8 के दो क्षेत्रों का पता लगाता है । परखों का पता चलने वाले क्षेत्रों में अंतर नहीं है । स्पाइक-इन डीएनए ओंकोरिन्चुस केटा सामन डीएनए से मेल खाता है और सत्यापन को सक्षम बनाता है कि प्रक्रिया ठीक से की गई है और अवरोधकों की संभावित उपस्थिति के लिए जांच करती है, जिससे झूठे नकारात्मक परिणाम मिल सकते हैं। FL-डीएनए एकाग्रता मानक वक्र विधि का उपयोग कर पूर्ण मात्राीकरण द्वारा मूल्यांकन किया जाता है और एनजी/प्रतिक्रिया के रूप में व्यक्त किया जाता है ।
FL-डीएनए विधि एक गैर आक्रामक और सस्ती मल डीएनए परीक्षण है कि, इम्यूनोकेमिकल आधारित मल मनोगत रक्त परीक्षण (iFOBT) के साथ संयुक्त, वर्तमान में सीआरसी स्क्रीनिंग कार्यक्रमों में प्रयोग किया जाता है और सीआरसी और/या उच्च जोखिम वाले adenoma घावों12की बेहतर भविष्यवाणियों के लिए अनुमति देता है ।
Protocol
Representative Results
Discussion
पिछले अध्ययनों से पता चला है कि मैनुअल और अर्ध – स्वचालित दृष्टिकोणों द्वारा निकाले गए मल का डीएनए अखंडता विश्लेषण कोलोरेक्टलघावों 7,8,9,109,,11<s…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
लेखकों को कोई पावती नहीं है ।
Materials
| 1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Absolute Ethanol (quality of analytical degree) | Reagent required for DNA extraction | ||
| Benchtop centrifuge | Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction | ||
| EasyPGX analysis software version 2.0.0 | Diatech Pharmacogenetics | RT800-SW | Analysis software |
| EasyPGX centrifuge/vortex 8-well strips | Diatech Pharmacogenetics | RT803 | Instrument recommended for the Real Time PCR assay |
| EasyPGX qPCR instrument 96 | Diatech Pharmacogenetics | RT800-96 | Instrument recommended for the Real Time PCR assay |
| EasyPGX ready FL-DNA | Diatech Pharmacogenetics | RT029 | Kit required for the Real Time PCR assay |
| Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Powder-free disposable gloves | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| QIAamp Fast DNA Stool | Qiagen | 51604 | Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool |
| Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Thermal block e.g. EasyPGX dry block | Diatech Pharmacogenetics | RT801 | Instrument required for DNA extraction |
| Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml | Diatech Pharmacogenetics | RT802 | Instrument required for DNA extraction |
Referências
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