Summary

Характеристика на молекулярном уровне с использованием надежных биохимических подходов нового белка киназы

Published: June 30, 2019
doi:

Summary

Мы охарактеризовали новый белок киназы, используя надежные биохимические подходы: анализ Western Blot с выделенным специфическим антителом на различных клеточных линиях и тканях, взаимодействие экспериментов по коиммунопреции, активность киназы, обнаруженная вестерном Помарка с использованием фосфо-специфических антител и по маркировке АТФ32P.

Abstract

Обширное секвенирование всего генома выявило множество открытых кадров чтения (ORF), предоставляющих много потенциальных белков. Эти белки могут иметь важную роль для клетки и могут распутать новые клеточные процессы. Среди белков, киназы являются основными субъектами, поскольку они принадлежат к клеточной сигнализации путей и имеют возможность включения или выключения многих процессов, имеющих решающее значение для судьбы клетки, таких как рост клеток, деление, дифференциация, подвижность, и смерть.

В этом исследовании мы сосредоточились на новом потенциальном белке киназы, LIMK2-1. Мы продемонстрировали его существование Western Blot с помощью специфического антитела. Мы оценили его взаимодействие с восходящим регуляющим белком с помощью экспериментов по коиммунопреционированию. Coimmunoprecipitation является очень мощным методом, способным обнаружить взаимодействие между двумя белками цели. Он также может быть использован для обнаружения новых партнеров белка приманки. Белок приманки может быть очищен либо с помощью тега инженерии его последовательности или через антитела специально ориентации его. Эти белковые комплексы могут быть разделены SDS-PAGE (Натрий Dodecyl Сульфат Полиаккриламид гель) и определены с помощью масс-спектрометрии. Иммунопрецицифицированный LIMK2-1 также использовался для проверки своей киназы в пробирке по маркировке АТФ32P. Этот устоявшийся асссможет использовать множество различных субстратов, а мутившие версии приманки могут использоваться для оценки роли конкретных остатков. Эффекты фармакологических агентов также могут быть оценены, поскольку этот метод является высокочувствительным и количественным. Тем не менее, обработка радиоактивности требует особой осторожности. Активность киназы также может быть оценена с помощью специфических антител, нацеленных на фосфо-группу модифицированной аминокислоты. Эти виды антител не являются коммерчески доступными для всех фосфо модифицированных остатков.

Introduction

На протяжении многих десятилетий, многочисленные сигнальные пути были выяснены и их участие в важнейших клеточных процессов, таких как деление клеток, дифференциация, подвижность, запрограммированная гибель клеток, иммунитет и нейробиологии, было показано. Киназы играют значительную роль в этих сигнальных путей, поскольку они часто тонко регулируют их активацию или инактивацию и являются частью переходных универсальных комплексов, которые реагируют на внешние раздражители1,2,3. Мутация и дисрегуляция киназы часто приводят к заболеваниям у людей, и поэтому они стали одной из наиболее важных целей наркотиков за последние сорок лет4.

В этом контексте важно иметь возможность обнаруживать взаимодействие киназы с их регуляторами или субстратами вниз по течению и выявлять новых партнеров. Очищение аффинита и иммунопрецит очень мощные методы изоляции белковых комплексов5. Белок приманки или киназы могут быть помечены с конкретной последовательности пептида позволяет использовать коммерческие бусы ковалентно в сочетании с антителами ориентации пептида. Этот материал позволяет высокую воспроизводимость в экспериментах6,7,8. Эндогенные белки также могут быть иммунопреципиципированы с помощью антител, нацеленных непосредственно на белок приманки. Антитела могут быть связаны с протеином А или белок G агарозных бусин или просто инкубируются этими бусинами до добавления лизата. Лисис буферы должны быть оптимизированы, чтобы позволить растворить белок, не теряя взаимодействия и избежать деградации белка. Основным недостатком этого подхода является то, что взаимодействие обнаруживается при клеточном лисисе; поэтому, преходящее или слабое взаимодействие, вместе с теми, которые требуют субклеточного контекста могут быть пропущены. Другие методы могут быть использованы для работы непосредственно в клетке, таких как Близость Ligation Assay (PLA)9, в vivo кросс-ссылок сродство очистки (XAP)10, Биолюминесценция Резонансная передача энергии (BRET) или Фюрстер Резонанс энергии Трансфер (FRET)11,12. Кроме того, иммунопрецитифиция не подходит для определения термодинамических констант привязки, для которых требуются физические методы, такие как поверхностный плазмонный резонанс, истермальная калорийность или микромасштабная термофорез 13,14.

Активность киназы может быть оценена с помощью нескольких методов. В этом, мы сосредоточились на фосфо-специфических антител и in vitro No32P » ATP (Аденозин ТриФосфат) маркировки. Фосфо-специфические антитела нацелены на модификацию фосфатов определенного остатка белка. Они могут быть использованы в Западной помарки или ELISA (Фермент-связанных иммуносорбентных асссе) после лизиса клеток, для иммуногистохимии, а также на неповрежденных клеток с использованием цитометрии потока или иммунофлуоресценции. Их недостатки могут включать в себя их отсутствие специфичности, которые могут быть оценены с помощью мутировавшей версии целевого белка, и их не коммерчески доступны для всех белков. Маркировка In vitro No32P’ ATP является очень надежным, хорошо зарекомендовавшим себя и высокочувствительным методом15. Можно использовать иммунопромилиациированные или рекомбинантные белки, а также различные субстраты. Воздействие лекарств также может быть оценено, поскольку этот метод является количественным. Его основным недостатком является то, что радиоактивность, связанная с подходом, требует осторожного обращения. Возможны также альтернативные методы, основанные на измерении флуоресцентных или люминесцентных пептидных субстратов и пользующихся измененными флуоресцентными/люминесцентными свойствами при фосфорилировании. Такие методы также позволяют высокую пропускную связь, что требуется, например, при скрининге молекул, которые могут быть потенциальными ингибиторами мишени киназы. Действительно, киназы представляют собой один из крупнейших классов наркотиков целей, проводимых фармацевтическими компаниями16.

В этом исследовании мы сосредоточились на белке LIMK2-1 (LIMK2-1 означает Lin11, Isle1, Mec3 Kinase isoform 2-1). Белок киназы LIMK2 был впервые описан в 1995году 17. Три изоформы LIMK2 производятся с помощью альтернативного сплайсинга: LIMK2a, LIMK2b и LIMK2-1. В настоящее время LIMK2-1 описан только на уровне мРНК в одном исследовании18. В этом мы характеризуем этот потенциальный новый белок киназы на молекулярном уровне, используя надежные биохимические подходы. Во-первых, мы демонстрируем, что LIMK2-1 действительно синтезируется. Как и два своих аналога, LIMK2a и LIMK2b, он взаимодействует с восходящей киназы ROCK (Rho-связанных белка киназы). Мы показываем, что LIMK2-1 имеет активность киназы на Myelin Basic Protein (MBP), но не на кофилине, каноничном субстрате киназы LIM.

Protocol

1. Подготовка клеток для трансфекции ВНИМАНИЕ: Все шаги клеточной культуры должны выполняться в специальной лаборатории, и клетки манипулируются в микробиологическом кабинете класса 2. Семенные клетки HEK-293 (Эмбриональная почка человека) в 10 см пластин в 10 мл DMEM (Dulbecco’…

Representative Results

Синтезируется белок LIMK2-1LIMK2-1 упоминается в банках данных, но пока только одна бумага показала существование его мРНК18. По сравнению с двумя омологами, LIMK2a и LIMK2b, LIMK2-1 имеет дополнительный C-терминальный домен, идентифицированный как ингибизорны?…

Discussion

При этом мы использовали надежные биохимические инструменты, чтобы охарактеризовать на молекулярном уровне новый белок, LIMK2-1, который считается киназой на основе его последовательности и его омологов, LIMK2a и LIMK2b20.

Во-первых, мы продемонстрировали существова?…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Эта работа была поддержана La Ligue contre le Cancer, l’Association Neurofibromatoses et Recklinghausen, и La R’Gion Centre Val de Loire. Большое спасибо Орели Коссон и Дебора Касас за данные цитометрии потока, и Кейрон Хикман-Льюис для тщательного проверки рукописи.

Materials

Antibody anti-actin Sigma-Aldrich A1978 for Western Blot
Antibody anti-c-Myc Invitrogen MA1-21316 for Western Blot
Antibody anti-cofilin Cell signaling Technology 3312/5175 for Western Blot
Antibody anti-GFP Santa Cruz sc-9996 for Western Blot
Antibody anti-HA Roche Applied Science 11687423001 for Western Blot
Antibody anti-phospho-cofilin Cell signaling Technology 3313 for Western Blot
Antibody Anti-PP1i Eurogentec designed for this study for Western Blot
Aprotinin Euromedex A-162B for lysis buffer
ATP Invitrogen PV3227 for g[32P] labeling
g[32P] ATP Perkin Elmer NEG502A for g[32P] labeling
BES buffered saline Sigma-Aldrich 14280 for transfection
b-glycerophosphate Sigma-Aldrich G9422 for lysis and kinase buffer
b-mercaptoethanol Sigma-Aldrich M3148 for Laemmli
BSA Sigma-Aldrich A3059 for blocking buffer
Bromophenol Blue Sigma-Aldrich B0126 for Laemmli
CaCl2 Sigma-Aldrich C3881 for transfection
Centrifuge Sigma 111-541
Collagen R Pan Biotech P06-20166 for transfection
Control siRNA Ambion AM4611 for PP1i antibody specificity
Coomassie PageBlue Protein Staining Solution Thermo-Fisher 24620 for gel staining
EDTA Sigma-Aldrich 3690 for lysis buffer
Electrophoresis Unit Biorad Mini-Protean for Western Blot
EZview Red anti-HA affinity gel Sigma-Aldrich E6779 for immunoprecipitation
GeneSys software Ozyme for Western Blot acquisition
GeneTolls software Ozyme for Western Blot quantification
GFP-trap beads Chromtek for immunoprecipitation
Glycine Euromedex 26-128-6405 for transfer buffer
GST-cofilin Upstate Cell signaling 12-556 for g[32P] labeling
Hamilton syringe 100 mL Hamilton 710 to remove carefully supernatant from beads without aspirating them
HEPES Sigma-Aldrich H3375 for kinase buffer
ImageQuant TL software GE Healthcare for radioactivity acquisition and quantification
LIMK2 siRNA Ambion s8191 for PP1i antibody specificity
Leupeptin Sigma-Aldrich SP-04-2217 for lysis and kinase buffer
MBP Upstate Cell signaling 13-173 for g[32P] labeling
MgCl2 Sigma-Aldrich M8266 for kinase buffer
MnCl2 Sigma-Aldrich 244589 for kinase buffer
NaCl Euromedex 1112 for lysis and kinase buffer
NaF Sigma-Aldrich S-1504 for lysis and kinase buffer
Okaidic acid Euromedex 0-2220 for lysis buffer
PMSF Sigma-Aldrich 78830 for lysis and kinase buffer
p-nitrophenylphosphate Euromedex 1026 for lysis buffer
PVDF membrane Immobillon-P Merck-Millipore IPVH00010 pore size 0,45 mm for Western Blot
Rotating wheel Labinco for bead incubation
Safe lock eppendorf Eppendorf 0030120.086 for kinase assay
SDS Sigma-Aldrich 5030 for Laemmli and migration buffer
Sodium orthovanadate LC Laboratories S8507 for lysis and kinase buffer
Sodium pyrophosphate Fluka 71501 for lysis buffer
Super Signal West Dura Protein Biology 34075 for Western Blot
Syngene Pxi Ozyme for Western Blot
Tissue extracts

 
Biochain

 
P1234035 Brain
P12345152 Lung
P1234149 Liver
P1234188 Pancreas
P1234260 Testis
for Western Blot analysis

 
Transfer Unit Biorad Mini-Trans-Blot for Western Blot
Tris Euromedex 26-128-3094 B for lysis buffer
Tween-20 Sigma-Aldrich P7949 for blocking buffer
Typhoon FLA9500 GE Healthcare to read autoradiography
Typhoon Trio Amersham Bioscience to read autoradiography
Whatman paper GE Healthcare 3030-672 for Western Blot

Referências

  1. Manning, G., Plowman, G. D., Hunter, T., Sudarsanam, S. Evolution of protein kinase signaling from yeast to man. Trends in Biochemical Sciences. 27, 514-520 (2002).
  2. Manning, G., Whyte, D. B., Martinez, R., Hunter, T., Sudarsanam, S. . The protein kinase complement of the human genome. 298, 1912-1934 (2002).
  3. Ochoa, D., Bradley, D., Beltrao, P. Evolution, dynamics and dysregulation of kinase signalling. Current Opinion in Structural Biology. 48, 133-140 (2018).
  4. Bhullar, K. S., et al. Kinase-targeted cancer therapies: progress, challenges and future directions. Molecular Cancer. 17, 48 (2018).
  5. Kaboord, B., Perr, M. Isolation of proteins and protein complexes by immunoprecipitation. Methods in Molecular Biology. 424, 349-364 (2008).
  6. Arnau, J., Lauritzen, C., Petersen, G. E., Pedersen, J. Current strategies for the use of affinity tags and tag removal for the purification of recombinant proteins. Protein Expression and Purification. 48, 1-13 (2006).
  7. Wood, D. W. New trends and affinity tag designs for recombinant protein purification. Current Opinion in Structural Biology. 26, 54-61 (2014).
  8. Young, C. L., Britton, Z. T., Robinson, A. S. Recombinant protein expression and purification: a comprehensive review of affinity tags and microbial applications. Biotechnology Journal. 7, 620-634 (2012).
  9. Greenwood, C., et al. Proximity assays for sensitive quantification of proteins. Biomolecular Detection and Quantification. 4, 10-16 (2015).
  10. Wang, X., Huang, L. Dissecting Dynamic and Heterogeneous Proteasome Complexes Using In vivo Cross-Linking-Assisted Affinity Purification and Mass Spectrometry. Methods in Molecular Biology. 1844, 401-410 (2018).
  11. Raykova, D., et al. Let There Be Light!. Proteomes. 4, (2016).
  12. Weibrecht, I., et al. Proximity ligation assays: a recent addition to the proteomics toolbox. Expert Review of Proteomics. 7, 401-409 (2010).
  13. Podobnik, M., et al. How to Study Protein-protein Interactions. Acta Chimica Slovenica. 63, 424-439 (2016).
  14. Rao, V. S., Srinivas, K., Sujini, G. N., Kumar, G. N. Protein-protein interaction detection: methods and analysis. International Journal of Proteomics. 2014, 147648 (2014).
  15. Peck, S. C. Analysis of protein phosphorylation: methods and strategies for studying kinases and substrates. The Plant Journal: For Cell and Molecular Biology. 45, 512-522 (2006).
  16. Jia, Y., Quinn, C. M., Kwak, S., Talanian, R. V. Current in vitro kinase assay technologies: the quest for a universal format. Current Drug Discovery Technologies. 5, 59-69 (2008).
  17. Okano, I., et al. Identification and characterization of a novel family of serine/threonine kinases containing two N-terminal LIM motifs. The Journal of Biological Chemistry. 270, 31321-31330 (1995).
  18. Croft, D. R., et al. p53-mediated transcriptional regulation and activation of the actin cytoskeleton. Cell Research. 21, 666-682 (2011).
  19. Tastet, J., et al. LIMK2-1 is a Hominidae-Specific Isoform of LIMK2 Expressed in Central Nervous System and Associated with Intellectual Disability. Neurociência. 399, 199-210 (2019).
  20. Vallee, B., et al. LIMK2-1, a new isoform of human LIMK2, regulates actin cytoskeleton remodeling via a different signaling pathway than that of its two homologs, LIMK2a and LIMK2b. The Biochemical Journal. 475, 3745-3761 (2018).
  21. Lee, Y. C., et al. Impact of Detergents on Membrane Protein Complex Isolation. Journal of Proteome Research. 17, 348-358 (2018).

Play Video

Citar este artigo
Vallée, B., Doudeau, M., Godin, F., Bénédetti, H. Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein. J. Vis. Exp. (148), e59820, doi:10.3791/59820 (2019).

View Video