Xenotransplante é um método viável para tratar a falência de órgãos. No entanto, como monitorar efetivamente a rejeição imune do xenotransplante é um problema para médicos e pesquisadores. Este manuscrito descreve um método simples e eficaz para monitorar a rejeição imunológica em modelos de transplante de células de porco para rato e modelos de transplante de remendo de artéria de porco para macaco. O DNA circulante é um biomarcador potencialmente não invasivo para danos nos órgãos. Neste estudo, o DNA específico do suíno circulante (cpsDNA) foi monitorado durante a rejeição do xenoenxerto por PCR quantitativo em tempo real (qPCR). Neste protocolo foram projetados primers específicos porcina, fragmentos de DNA específicos contendo plasmídeos contendo suínos foram construídos, e curvas padrão para a quantitação foram estabelecidas. Primers específicos de espécies foram então usados para quantificar cpsDNA por qPCR em modelos de transplante de células de porco para rato e modelos de transplante de remendo de artéria de porco para macaco. O valor deste método sugere que ele pode ser usado como um método simples, conveniente, de baixo custo e menos invasivo para monitorar a rejeição imune da xenotransplante.