用于下一代测序的基于磁珠的蚊子DNA提取协议
Summary
这里描述的是一个DNA提取协议，使用磁珠从蚊子中产生高质量的DNA提取。这些提取适合下游的下一代测序方法。
Abstract
最近公布的一项使用磁珠和自动DNA提取仪器的DNA提取协议表明，有可能从保存完好的单个蚊子身上提取出高质量和数量的DNA，足以进行下游全基因组测序。然而，对于许多实验室来说，依赖昂贵的自动DNA提取仪器可能令人望而却步。在这里，该研究提供了一个经济实惠的磁珠为基础的DNA提取协议，这是适合中低吞吐量。这里描述的协议是使用个别伊 蚊 样本成功测试的。与高质量DNA提取相关的成本降低将增加高吞吐量测序在资源有限的实验室和研究中的应用。
Introduction
最近开发的改进的DNA提取协议1允许许多高影响下游研究涉及全基因组测序2，3，4，5，6。这种基于磁珠的DNA提取协议提供了来自单个蚊子样本的可靠DNA产量，这反过来又降低了从现场采集中获取足够数量的样本的成本和时间。
人口和景观基因组学的最新进展与全基因组测序成本的降低直接相关。虽然以前的DNA提取协议1 提高了与高通量测序相关的效率，但没有资金的小型实验室/研究可能会选择不使用这些新的强大景观和人口基因组学工具，因为实施协议的成本（例如，专用仪器的成本）。
在这里，提出了一个修改的DNA提取协议，使用与Neiman等人类似的磁珠提取步骤来获得 高纯度DNA，但不依赖于高成本的仪器进行组织裂解和DNA提取。该协议适用于需要>10ng高质量DNA的实验。
Protocol
Representative Results
Discussion
这里描述的协议可以适应其他昆虫物种。尼曼等人介绍的协议的原始版本已经在多个物种上进行了测试，包括伊蚊、伊蚊、伊·布希、埃·塔尼奥尔欣丘斯、阿诺菲莱斯·阿拉比安西斯、安·科卢齐、安·库斯塔尼、 安达利， 安· 预计此协议将适用于这些以及其他节肢动?…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
我们感谢由美国疾病控制和预防中心资助的太平洋西南地区病媒-伯恩疾病卓越中心（合作协议 1U01CK000516）、CDC 赠款 NU50CK000420-04-04、 美国农业部国家粮食和农业研究所（哈奇项目1025565）、UF/IFAS佛罗里达医学昆虫学实验室研究金给陈泽宇、NSF CAMTech IUCRC第二期赠款（AWD05009_MOD0030）和佛罗里达州卫生部（合同CODQJ）。本文的结论和结论是作者的，不一定代表美国鱼类和野生动物管理局的观点。
Materials
| AE Buffer | Qiagen | 19077 | Elution buffer |
| AL Buffer | Qiagen | 19075 | Lysis buffer |
| AW1 Buffer | Qiagen | 19081 | Washing buffer 1 |
| AW2 Buffer | Qiagen | 19072 | Washing buffer 2 |
| MagAttract Suspension G | Qiagen | 1026901 | magnetic bead |
| Magnetic bead separator | Epigentek | Q10002-1 | |
| Nanodrop | ThermoFisher | ND-2000 | microvolume spectrophotometer |
| PK Buffer | ThermoFisher | 4489111 | Proteinase K buffer |
| Proteinase K | ThermoFisher | A25561 | |
| Qubit | Invitrogen | Q33238 | fluorometer |
Referências
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