अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए एक चुंबकीय-मनका आधारित मच्छर डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल
Summary
यहां वर्णित मच्छरों से उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए निष्कर्षण का उत्पादन करने के लिए चुंबकीय मोतियों का उपयोग करके एक डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल है। ये निष्कर्षण एक डाउनस्ट्रीम अगली पीढ़ी के अनुक्रमण दृष्टिकोण के लिए उपयुक्त हैं।
Abstract
चुंबकीय मोतियों और एक स्वचालित डीएनए निष्कर्षण उपकरण का उपयोग करके हाल ही में प्रकाशित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल ने सुझाव दिया कि डाउनस्ट्रीम पूरे जीनोम अनुक्रमण के लिए पर्याप्त एक अच्छी तरह से संरक्षित व्यक्तिगत मच्छर से उच्च गुणवत्ता और मात्रा डीएनए निकालना संभव है। हालांकि, एक महंगे स्वचालित डीएनए निष्कर्षण उपकरण पर निर्भरता कई प्रयोगशालाओं के लिए निषेधात्मक हो सकती है। यहां यह अध्ययन बजट के अनुकूल चुंबकीय-मनका आधारित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल प्रदान करता है, जो कम से मध्यम थ्रूपुट के लिए उपयुक्त है । यहां वर्णित प्रोटोकॉल का व्यक्तिगत एडीज एजिप्टी मच्छर के नमूनों का उपयोग करके सफलतापूर्वक परीक्षण किया गया । उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए निष्कर्षण से जुड़ी कम लागत संसाधन सीमित प्रयोगशालाओं और अध्ययनों के लिए उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण के आवेदन में वृद्धि होगी।
Introduction
बेहतर डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल1 के हालिया विकास ने कई उच्च प्रभाव वाले डाउनस्ट्रीम अध्ययनों की अनुमति दी है जिसमें संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण 2 ,3,4,5,6शामिल हैं । यह चुंबकीय मनका आधारित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल व्यक्तिगत मच्छर नमूनों से विश्वसनीय डीएनए उपज प्रदान करता है, जो बदले में क्षेत्र संग्रह से पर्याप्त संख्या में नमूने प्राप्त करने से जुड़े लागत और समय को कम करता है।
जनसंख्या और परिदृश्य जीनोमिक्स में हाल की प्रगति सीधे पूरे जीनोम अनुक्रमण की घटती लागत के साथ सहसंबद्ध हैं। हालांकि पिछले डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल1 उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण के साथ जुड़े क्षमता बढ़ जाती है, छोटे प्रयोगशालाओं/धन के बिना अध्ययन प्रोटोकॉल को लागू करने की लागत के कारण इन नए शक्तिशाली परिदृश्य और जनसंख्या जीनोमिक्स उपकरणों का उपयोग करने से बाहर निकलना हो सकता है (जैसे, विशेष उपकरणों की लागत) ।
यहां, एक संशोधित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया गया है जो उच्च शुद्धता डीएनए प्राप्त करने के लिए Neiman एट अलके रूप में एक समान चुंबकीय मनका निष्कर्षण कदम का उपयोग करता है, लेकिन ऊतक लाइसिस और डीएनए निष्कर्षण के लिए उच्च लागत वाले उपकरणों पर भरोसा नहीं करता है। यह प्रोटोकॉल उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए के >10 एनजी की आवश्यकता वाले प्रयोगों के लिए उपयुक्त है।
Protocol
Representative Results
Discussion
यहां वर्णित प्रोटोकॉल को अन्य कीट प्रजातियों के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। निमैन एट अल में पेश किए गए प्रोटोकॉल के मूल संस्करण का परीक्षण कई प्रजातियों पर किया गयाहै, जिनमें एडीज एजिप्टी,…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
हम वेक्टर जनित रोगों के लिए उत्कृष्टता के प्रशांत दक्षिण पश्चिम क्षेत्रीय केंद्र से धन समर्थन स्वीकार रोग नियंत्रण और रोकथाम के लिए अमेरिका के केंद्रों द्वारा वित्त पोषित (सहकारी समझौता 1U01CK000516), सीडीसी अनुदान NU50CK000420-04-04, USDA राष्ट्रीय खाद्य और कृषि संस्थान (हैच परियोजना 1025565), UF/IFAS फ्लोरिडा मेडिकल कीट विज्ञान प्रयोगशाला फैलोशिप TSE-यू चेन, NSF CAMTech IUCRC चरण द्वितीय अनुदान (AWD05009_MOD0030), और फ्लोरिडा स्वास्थ्य विभाग (अनुबंध CODQJ) । इस लेख में निष्कर्ष और निष्कर्ष लेखक (ओं) के हैं और जरूरी नहीं कि अमेरिकी मछली और वन्यजीव सेवा के विचारों का प्रतिनिधित्व करें।
Materials
| AE Buffer | Qiagen | 19077 | Elution buffer |
| AL Buffer | Qiagen | 19075 | Lysis buffer |
| AW1 Buffer | Qiagen | 19081 | Washing buffer 1 |
| AW2 Buffer | Qiagen | 19072 | Washing buffer 2 |
| MagAttract Suspension G | Qiagen | 1026901 | magnetic bead |
| Magnetic bead separator | Epigentek | Q10002-1 | |
| Nanodrop | ThermoFisher | ND-2000 | microvolume spectrophotometer |
| PK Buffer | ThermoFisher | 4489111 | Proteinase K buffer |
| Proteinase K | ThermoFisher | A25561 | |
| Qubit | Invitrogen | Q33238 | fluorometer |
Referências
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