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Aspergillus fumigatus conidia são patógenos aéreos que podem penetrar nas vias aéreas humanas. Pessoas imunocompetntes sem alergias apresentam resistência e tolerância imunológica, enquanto em pacientes imunocomprometidos, a conidia pode colonizar as vias aéreas e causar distúrbios respiratórios graves. Várias células em diferentes compartimentos das vias aéreas estão envolvidas na resposta imune que previne a invasão fúngica; no entanto, os aspectos espátulais-temporais da eliminação do patógeno ainda não são completamente compreendidos. Imagens tridimensionais (3D) de órgãos de montagem total eliminados opticamente, particularmente os pulmões de camundongos experimentais, permitem a detecção de patógenos fluorescentes rotulados nas vias aéreas em diferentes pontos de tempo após a infecção. No presente estudo, descrevemos uma configuração experimental para realizar uma análise quantitativa da distribuição de A. fumigatus conidia nas vias aéreas. Usando microscopia de varredura a laser confocal fluorescente (CLSM), rastreamos a localização de conidia fluorescente rotulada nos ramos brônquicos e no compartimento alveolar 6 horas após a aplicação do orofaringe aos ratos. A abordagem aqui descrita foi previamente utilizada para detecção da localização precisa do patógeno e identificação das células que interagem com patógenos em diferentes fases da resposta imune. A configuração experimental pode ser usada para estimar a cinética da eliminação do patógeno em diferentes condições patológicas.