Cilia primária (PC) são organelas dinâmicas de microtúbulos não motil que se projetam da superfície da maioria das células mamíferas. Eles emergem do centríclulo mais antigo durante a fase G1/G0 do ciclo celular, enquanto desmontam à medida que as células reentram no ciclo celular no limite da fase G2/M. Eles funcionam como hubs de sinal, detectando e transduzindo sinais extracelulares cruciais para muitos processos celulares. Semelhante à maioria dos tipos de células, todas as células-tronco neurais neocorticais e progenitoras (NSPCs) têm sido mostradas abrigando um PC permitindo-lhes sentir e transduzir sinais específicos necessários para o desenvolvimento cortical cerebral normal. Aqui, fornecemos protocolos detalhados para gerar e caracterizar modelos bidimensionais (2D) e tridimensionais (3D) baseados em células-tronco de células-tronco induzidas por humanos (hIPSCs) para dissecar ainda mais o envolvimento do PC durante o desenvolvimento neocortical. Em particular, apresentamos protocolos para estudar a biogênese do PC e funcionar em NSPCs derivados de roseta neural 2D, incluindo a transdução da via Sonic Hedgehog (SHH). Para aproveitar a organização tridimensional (3D) de organoides cerebrais, descrevemos um método simples para imagens 3D de organoides cerebrais imunossuídos. Após a limpeza óptica, a rápida aquisição de organoides inteiros permite a detecção de centrossomos e PC em progenitores neocorticais e neurônios de todo o organoide. Por fim, detalhamos o procedimento de imunostenção e compensação de seções organoides de flutuação livre espessa preservando um grau significativo de informações espaciais 3D e permitindo a aquisição de alta resolução necessária para a análise qualitativa e quantitativa detalhada da biogênese e função do PC.