En protokoll for avbildning av de dynamiske mikrotubulene in vivo ved hjelp av fluorescerende merket End bindingsprotein har blitt presentert. Vi beskrev metodene for å merke, bilde og analysere de dynamiske mikrotubulene i Posterior lateral microtubule (PLM) neuron av C. elegans.
I nevroner har mikrotubul orientering vært en viktig takstmann for å identifisere axoner som har pluss-end ut mikrotubuler og dendritter som generelt har blandet orientering. Her beskriver vi metoder for å merke, bilde og analysere mikrotubuldynamikken og veksten under utvikling og regenerering av berøringsnevroner i C. elegans. Ved hjelp av genetisk kodede fluorescerende reportere av mikrotubule tips, avbildet vi de axonale mikrotubulene. De lokale endringene i mikrotubul oppførsel som starter axon regenerering etter axotomi kan kvantifiseres ved hjelp av denne protokollen. Denne analysen er tilpasningsdyktig til andre nevroner og genetisk bakgrunn for å undersøke reguleringen av mikrotubuldynamikk i ulike cellulære prosesser.
Nevroner har en forseggjort arkitektur med spesialiserte rom som dendritter, cellelegemer, axoner og synapser. Den nevronale cytoskjelettet består av mikrotubuler, mikrofilamenter og nevrofilamenter, og deres distinkte organisasjon støtter nevronrommene strukturelt og funksjonelt1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 . Gjennom årene har mikrotubul organisasjon blitt identifisert som en nøkkeldeterminant for nevronal polaritet og funksjon. Når nevroner gjennomgår strukturell ombygging under utvikling eller regenerering, bestemmer mikrotubuldynamikken og orienteringen identiteten, polarisert transport, vekst og utvikling av ulike nevronrom7. Det er derfor viktig å vurdere mikrotubuldynamikken og orienteringsinvoen for å korrelere med den nevronale ombyggingsprosessen.
Mikrotubuler består av protofilaments av α og β Tubulin heterodimers med dynamiske pluss ender og relativt stabile minus ender11,12. Oppdagelsen av plussspisskomplekset og tilhørende sluttbindingsproteiner har gjort det mulig for en plattform å vurdere mikrotubuleorganisasjonen13. Sluttbindingsproteiner (EBP) forbigående forbinder med de voksende pluss endene av mikrotubulen, og deres assosiasjonsdynamikk er korrelert med veksten av mikrotubule-protofilamentene14,15. På grunn av hyppig assosiasjon og dissosiasjon av plussspisskompleks med mikrotubulen, vises punktspredningsfunksjonen til GFP-merket EBP som en “komet” i en timelapse-film15,16. Siden den banebrytende observasjonen i pattedyr nevroner16, sluttbinding proteiner merket med fluorescerende proteiner har blitt brukt til å bestemme mikrotubule dynamikken på tvers av ulike modellsystemer og neuron typer17,18,19,20,21,22,23.
På grunn av sitt enkle nervesystem og gjennomsiktige kropp har C. elegans vist seg å være et utmerket modellsystem for å studere nevronal ombygging under utvikling og regenerering in vivo. Her beskriver vi metoder for å merke, bilde og analysere mikrotubuldynamikken og veksten under utvikling og regenerering av berøringsnevroner i C. elegans. Ved hjelp av genetisk kodet EBP-2::GFP, avbildet vi mikrotubulene i PLM-nevronen, noe som tillot oss å bestemme mikrotubulens polaritet i to forskjellige neuritter i denne nevron24. Denne metoden tillater observasjon og kvantifisering av EBP-kometene som et mål på mikrotubuldynamikk i forskjellige cellulære sammenhenger, for eksempel kan de lokale endringene i mikrotubuladferd som initierer axonregenerering etter axotomi vurderes ved hjelp av vår protokoll. Denne analysen kan tilpasses for å undersøke reguleringen av mikrotubuldynamikk i ulike cellulære prosesser i ulike celletyper og genetisk bakgrunn.
Å forstå mikrotubuldynamikken har vært et sentralt fokus innen cytoskeletal forskning gjennom årene. Mikrotubuler gjennomgår kjernedannelse og katastrofe sammen med en kontinuerlig prosess med dynamisk ustabilitet44,45,46,47. Mye av denne informasjonen er oppnådd gjennom in vitro-analyser som lysspredningsavlesninger av fri vs polymerisert tubulin, mikrotubul …
The authors have nothing to disclose.
Vi takker Yishi Jin og Andrew Chisholm for den første støtten og belastningen som ble brukt i studien. Bakteriestammen OP50 ble kommersielt benyttet fra Caenorhabditis Genetics Center (CGC) finansiert av NIH Office of Research Infrastructure Programs (P40 OD010440). Vi takker også Dharmendra Puri for standardiseringen av eksperimentelle prosedyrer. Studien er finansiert av kjernestipendet til National Brain Research Centre (støttet av Institutt for bioteknologi, Govt. of India), DBT/Wellcome Trust India Alliance Early Career Grant (Grant # IA / E / 18/1/504331) til S.D., Wellcome Trust-DBT India Alliance Intermediate Grant (Grant # IA / I / 13/1/500874) til A.G.-R og et stipend fra Science and Engineering Research Board (SERB: CRG/2019/002194) til A.G.-R.
CZ18975 worm strain | Yishi Jin lab | CZ18975 | Generated by Anindya Ghosh-Roy |
Agarose | Sigma | A9539 | Mounting worms |
Coverslip (18 mm x 18 mm) | Zeiss | 474030-9010-000 | Mounting worms |
Dry bath with heating block | Neolab | Mounting worms | |
Glass slides (35 mm x 25 mm) | Blue Star | Mounting worms | |
Polystyrene bead solution (4.55 x 10^13 particles/ml in aqueous medium with minimal surfactant) | Polysciences Inc. | 00876 | Mounting worms |
Test tubes | Mounting worms | ||
OP50 bacterial strain | Caenorhabditis Genetics Center (CGC) | OP50 | Worm handling |
60mm petri plates | Praveen Scientific | 20440 | Worm handling |
Aspirator/Capillary | VWR | 53432-921 | Worm handling |
Incubator | Panasonic | MIR554E | Worm handling |
Platinum wire | Worm handling | ||
Stereomicroscope with fluorescence attachment | Leica | M165FC | Worm handling |
0.3% Sodium Chloride | Sigma | 71376 | Nematode Growth Medium |
0.25% Peptone | T M Media | 1506 | Nematode Growth Medium |
10mg/mL Cholesterol | Sigma | C8667 | Nematode Growth Medium |
1mM Calcium chloride dihydrate | Sigma | 223506 | Nematode Growth Medium |
1mM Magnesium sulphate heptahydrate | Sigma | M2773 | Nematode Growth Medium |
2% Agar | T M Media | 1202 | Nematode Growth Medium |
25mM Monobasic Potassium dihydrogen phosphate | Sigma | P9791 | Nematode Growth Medium |
0.1M Monobasic Potassium dihydrogen phosphate | Sigma | P9791 | 1X M9 buffer |
0.04M Sodium chloride | Sigma | 71376 | 1X M9 buffer |
0.1M Ammonium chloride | Fisher Scientific | 21405 | 1X M9 buffer |
0.2M Dibasic Disodium hydrogen phosphate heptahydrate | Sigma | S9390 | 1X M9 buffer |
Glass bottles | Borosil | Buffer storage | |
488 nm laser | Zeiss | Imaging | |
5X objective | Zeiss | Imaging | |
63X objective | Zeiss | Imaging | |
Camera | Photometrics | Evolve 512 Delta | Imaging |
Computer system for Spinning Disk unit | HP | Intel ® Xeon CPU E5-2623 3.00GHz | Imaging |
Epifluorescence microscope | Zeiss | Observer.Z1 | Imaging |
Halogen lamp | Zeiss | Imaging | |
Mercury Arc Lamp | Zeiss | Imaging | |
Spinning Disk Unit | Yokogawa | CSU-X1 | Imaging |
ZEN2 software | Zeiss | Imaging | |
Image J (Fiji Version) | Image analysis and processing | ||
Adobe Creative Cloud | Adobe | Image analysis and processing | |
Computer system for Image Analysis | Dell | Intel ® Core ™ i7-9700 CPU 3.00GHz | Image processing/Representation |