O tecido adiposo marrom (BAT) é um depósito adiposo especializado em dissipação de energia que também pode servir como órgão endócrino através da secreção de moléculas bioativas. A criação de camundongos knockout específicos para MTD é uma das abordagens mais populares para entender a contribuição de um gene de interesse para a regulação de energia mediada por BAT. A estratégia convencional de direcionamento gênico utilizando o sistema Cre-LoxP tem sido a principal abordagem para gerar camundongos knockout tecido-específicos. No entanto, essa abordagem é demorada e tediosa. Aqui, descrevemos um protocolo para o knockout rápido e eficiente de um gene de interesse em MTD usando um sistema combinado de Cre-LoxP, CRISPR-Cas9 e RNA guia único (sgRNA) de vírus adenoassociado (AAV). A MTD interescapular está localizada na camada profunda entre os músculos. Assim, as MTD devem ser expostas para injetar o VAT de forma precisa e direta nas MTD dentro do campo visual. O manuseio cirúrgico adequado é crucial para evitar danos aos nervos e vasos simpáticos, como a veia de Sultzer que se conecta à BAT. Para minimizar o dano tecidual, há uma necessidade crítica de entender a localização anatômica tridimensional da MTD e as habilidades cirúrgicas necessárias nas etapas técnicas. Este protocolo destaca os principais procedimentos técnicos, incluindo o projeto de sgRNAs visando o gene de interesse, a preparação de partículas de AAV-sgRNA e a cirurgia para a microinjeção direta de AAV em ambos os lobos BAT para gerar camundongos knockout específicos para BAT, que podem ser amplamente aplicados para estudar as funções biológicas de genes em BAT.